1994年3月，海南野生棉种植园副主任；1994年6月至1995年7月，科研管理处副处长；1995年8月至1998年3月，品种资源研究室副主任；1998年3月，生物技术研究室主任；1999年5月，农业部棉花遗传改良重点开放实验室常务副主任；1999年10月，科技管理处处长；2000年9月，所长助理；2001年6月至今，副所长；2001年8月至今，农业部棉花品种监督检验测试中心主任。

1995年6月，九三学社棉花所支社主任委员，1996年8月，九三学社安阳市委员会委员，2002年，九三学社安阳市委员会副主委；1995年，安阳市人大第9届、第10届代表，第10届人大常委会委员，2003年，第十届全国人民代表大会代表；1999年3月，中国农科院跨世纪学科带头人。现为中国农科院棉花所学术委员会副主任、农业部棉花遗传改良重点开放实验室学术委员会副主任、中国棉花学会副理事长兼秘书长、中国农业生物技术学会理事、中国农学会河南省分会理事、中国遗传学学会会员，《棉花学报》编辑委员会主任、《中国农业生物工程学报》、《中国棉花》和《植物遗传资源科学》编委。1999年、2002年先后成为中国农业科学院研究生院硕导和博导，现兼任华中农业大学硕导和博导。

棉花品种资源、野生资源、分子与染色体原位杂交、分子生物学应用原理与技术、转基因技术及其基础

品种资源、野生资源、分子与染色体原位杂交、分子生物学应用原理与技术、转基因技术及其基础，近年来开展了棉花功能基因组研究。在海南三亚动手建立了国家野生棉种质圃。所以，对于他而言，“棉田”比别人多了一层概念：棉花资源圃。野棉花，都是外国“货”，有的象葡萄一样趴在地面上生长，有的象杨树一样高大，引种难，种植难。经过多年努力，王坤波和他的助手终于解决了这些问题。在国家种质圃引种的野生棉占全世界现有总数的80%以上，还探讨成功了异地枝条引种、双芽苗嫁接等新技术。野棉花有耐旱、抗病、抗虫等优良特性，是栽培品种的良好补充，但是，这些特性转育到栽培品种非常困难。利用海南气候优势，王坤波他们获得了栽培棉与野生棉的杂种100多个，是国内外最多的，其中近一半为首次获得。上个世纪80年代，植物染色体核型研究在世界兴起，但棉花的染色体数目多、体积小，实用技术难度很大，没有多少人碰它。王坤波与北京大学李懋学教授长期合作，长期住在他的实验室或北大实验室，终于取得技术上的重要突破，较系统地完成了栽培棉与野生棉的核型分析，发表了10余篇专业论文，有的在澳大利亚举行的首次世界棉花科技研讨会宣读，有的获得中国农科院首届中青年优秀论文一等奖。当分子生物学研究的浪潮涌到国内时，他的实验室就开始了棉花分子标记研究，展开了核酸-染色体的荧光原位杂交研究，他的实验室在这些方面申报了4项发明专利。棉花农杆菌介导转化外源基因，一般需要8～10个月，他发明了试管苗嫁接移植技术，一下使这个周期缩短了2～3个月。据Bt棉（抗虫棉）的基因结构特征，他的实验室发现在幼苗期可以进行规模化的卡那霉素鉴定，相关论文于2001年发表。这些方法很快普及使用，成了基本的常用技术。

1986年以来，先后10余次出国进行棉花专业考察和学术交流，多次参加在国内外举办的国际学术研讨会。筹备并主持了2000年国际工程技术大会棉花专业组研讨会和2000年越中棉花双边学术研讨会。“九五”主持多个国家自然科学基金项目、国家科技攻关专题、有关部委重点项目专题。 发表了论文100余篇，联合主编《中国棉花遗传资源》等4部专著，先后取得获得国家、农业部、河南省、中国农科院等二等奖的成果6项。目前承担国家自然科学基金、国家863、国家科技攻关等有关方面近10个项目。

《棉花南繁》