他出生在镰仓郡比企能员家中, 是比企能员和当时早已投奔源赖朝的梶原景时抚养大的。其父源赖朝1199年死后，源赖家便成为了源氏家族的首领并在1202年被任命为“平安征夷大将军”（Seii Taishogun）。然而从那以后，幕府的军机大权逐渐落入了其祖父北条时政手中。北条政子千方百计阻挠他的一切政治活动，源赖家也意图使比企家族臣服于自己，但是以失败后被幽禁在宫中而告终，并被迫让出幕府将军的职位，最终伊豆（Izu）的在修善寺（Shuzenji）被北条时政派人暗杀。其后其弟源实朝（Minamoto no Sanetomo）成为第三代幕府将军。

　　伊豆修禅寺源赖家墓所建久8年（1197年）12月15日成为从五位上右近卫权少将。正治元年（1199年）父赖朝突然死去后约任为家督。转任左近卫中将。建仁2年（1202年）升为正三位、7月22日再升从二位、征夷大将军宣下。翌年、升任为正二位。 期待源氏嫡男、重用侧近之妻实家娘家比企氏，习惯了无视家臣而独裁的判断。由于危害母系一方北条氏为中心的利益，由家臣们推出的十三人合议制阻碍将军权力确立、抑制赖家专政独断。建仁3年（1203年）赖家急病命危时，大臣们准备在赖家死后由继承人儿子一幡及弟源实朝分权统治。 赖家进行最后的反击，但是比企氏组织讨伐北条氏之计划失败，谋逆的比企氏一族被灭（比企能员之变）、赖家更被剥夺将军之职，流放到伊豆修禅寺(静冈县伊豆市)中幽禁。翌年、被北条氏派遣刺客暗杀。法名法华院殿金吾大禅合。