姬路藩士石本胜左卫门第六子。1869年，作为开成所姬路藩（兵库县）贡进生进京，在大学南校学习。陆军幼年学校、陆军士官学校入学。西南战争随军，1877年7月，工兵少尉任官。1878年12月，毕业于陆士(旧1期)。以后法国留学，1881年8月枫丹白露炮工学校毕业，翌年回国。欧洲差遣(意大利)，参谋本部第3局第2课员，参谋本部第2局员。陆军省军务局工兵事务科长，工兵科长，筑城本部长，兼陆军炮工学校长，1898年3月晋升陆军少将。 陆军总务长官，日俄战争的时候的陆军次官(兼任法务局长)辅佐寺内正毅陆军大臣。1904年10月晋升陆军中将。1907年9月成为男爵。1911年8月，在第2次西园寺公望内阁中就任陆军大臣，这是第一个非萨长两藩出身的陆军大臣。辛亥革命的时候，身为临时大总统的孙中山，偕同秘书长胡汉民同三井财团代表森恪及宫崎滔天、山田纯三郎会谈。孙中山表示："当此次举事之初，余等即拟将满洲委之于日本，以此希求日本援助中国革命。孙中山开出的价码只有区区1500万日元。这件事最后就是因为石本新六的反对没有办成。原因是按照军部的的观点，在中日、日俄两次战争中，满洲是日本人为之抛洒珍贵的鲜血的地方，理应享有一切权益，而无须以金钱收买。后来因为陆军师增设问题成为悬案，2个师团增设的要求被内阁拒绝，在任中死去。后任的陆军大臣由上原勇作担任。

妻子时陆军教授安达松太郎的妹妹安达凤子，嗣子实业家石本惠吉，次子满铁理事石本宪治，三子陆军中将石本寅三。四子东京帝国大学教授石本巳四雄。五子陆军少将石本五雄（娶的是陆军大将町田经宇的女儿）。女婿法学博士泷川政次郎。哥哥陆军中佐石本绳索。外甥陆军少将安达十六。陆军中将安达十九。陆军中将安达二十三。