邳彤出身官宦之家，他的父亲邳吉曾经担任过辽西郡的太守，邳彤在王莽新朝时期担任了和成（一说和戎）卒正（王莽篡位后，把巨鹿郡的一部分独立划分为和成郡，郡治在下曲阳城，太守改称卒正）。

公元23年（更始元年），刘玄遣刘秀行大司马事北渡黄河，镇慰河北州郡。刘秀来到下曲阳（今河北晋县西北）的时候，邳彤率领全体吏民举城投降，刘秀就任命邳彤为太守，刘秀在下曲阳住了几天，然后就继续北上宣慰去了。刘秀向北走到蓟县的时候，王郎在邯郸称帝，并派遣将领四处攻略地方，他们所到之处，各郡县都开城迎接，只有信都太守任光、和成太守邳彤不肯听从王郎的号令，闭门坚守。

公元24年（更始二年）春，受到追捕的刘秀从蓟县南逃回到信都郡，邳彤听说刘秀从蓟县逃回信都，而且人马都丢光了，身边只有少数亲随。于是，邳彤急忙派部下五官掾张万、督邮尹绥调选精骑二千余人，在道路边上候迎刘秀。张万、尹绥走到堂阳县的时候，堂阳县已经归顺了王郎，邳彤就让张万、尹绥警告堂阳县的吏民，如果刘秀赶到的话，要马上开门出迎。后来，邳彤听说刘秀已经到了信都，赶紧前来信都拜会。

邳彤到信都后参加了讨论下一步计划的会议。当时刘秀虽然得到信都、和成二郡的支持，但二郡兵力有限而且部队分散驻守没有集中起来，所以在会议上，很多人都说：王郎的势力太大，不如由信都郡派遣部队护送刘秀西归长安。刘秀也有些动心了。

邳彤一听，大吃一惊。他昂然而起，慨然进言。他作了长篇发言，坚决反对西归长安的计划。他说：“大家刚才说的都不对。天下黎民对王莽的暴政深恶痛疾，深受其害。各地的官吏、军民思念汉室，怀念大汉恩德已经不是一天两天了。因此，更始皇帝一称尊号便天下响应，长安三辅的官吏人民自发地修缮宫殿、维修道路，翘首夹道欢迎。一个人举戟大呼，则千里之将无不献城而逃遁，贼虏匍匐请降。自从上古以来，也没有感物动民达到这种程度的。”

邳彤接着说：“在邯郸称孤道寡、不可一世的王郎，他根本不是什么刘子舆。他的底细下官很清楚，他不过是一个算命先生而已！这个出身微贱的假号之贼，表面上看起来气势汹汹，实际上他外强中干，不过是用谎言欺骗百姓、蒙蔽天下人的耳目罢了！他虽然看上去势力很大，其实不过是小人得志、纠集了一帮乌合之众盘踞在燕、赵之地而已！大司马！以下官看来，王郎此贼在河北并没有深厚的根基。大司马只要征调和成、信都两个郡的人马，何愁不能讨平他！”

一席话，说得刘秀频频点头。邳彤又接着说：“如果弃此而归，不但空失河北，而且更惊动三辅，使威风重名一旦坠损，这就不是有利的良计。假若明公没有再次征伐的意图，那么虽有信都之兵也难以相会哩。因为您一旦西归长安，则邯郸王郎的羽翼丰满，势力越来越大，就会不可收拾了！一旦他们在此扎下根基，他们就会在这里为非作歹，涂炭四方，鱼肉百姓。大司马，您想想看！您初来河北之时，老百姓怎么看待您的？他们是把您像父母一样看待啊！要是大司马打算西归长安，老百姓怎么会背弃您呢？就像儿女不肯背弃父母一样啊！他们一定会背弃王郎而千里追随着您西行。如此一来，和成、信都两地的军民必然会四散奔逃。如此一来，大事去矣！”

刘秀听了邳彤一番入情入理的慷慨陈辞深为感动。他说：邳丹的话很对啊！我们应该听从。

决定反击之后，刘秀决定攻占周围各县，邳彤被任命为和成太守兼后大将军带领本部人马为前部攻略诸县。汉军第一个攻击的目标是堂阳县，但汉军到达堂阳县的时候，堂阳县已经反属王郎了，邳彤就派遣张万、尹绥先去晓谕县中官吏民众，说大司马刘秀晚上就带大军到堂阳县了，让他们到时候马上打开城门迎接汉军入城。汉军到堂阳县之后，堂阳县吏民畏惧汉军势大开城投降。占领堂阳县之后，邳彤又率军在中山击破了白奢流民军。此后邳彤跟随刘秀参加了平定河北诸战。

汉军连战连捷，直取邯郸，而就在此时，王郎派遣将领率军进攻信都，抄了汉军的后路，邳丹是信都人，他的家人都在信都，所以都落到了王郎军队的手里，他们把邳彤的父亲、弟弟、妻子、儿女囚禁起来，逼迫他们写信召唤邳彤回来投降，再令邳彤的一个亲属把信件送到邳彤手上。

邳彤打开信一看，上面告诉邳彤：要是投降的话就给你加官进爵，不然的话就灭了你的全家。

邳彤看完信件之后，大哭一场，然后他流着眼泪写了回信，他说：效力君王的人顾不上家。邳氏一族所以至今得以安身于信都，都是刘公的恩德。刘公正忙于国事，我邳彤不能以私事为念。

就在邳彤准备尽忠弃家的时候，更始政权的军队攻下了信都，王郎的部队逃走了，因此邳彤的家人才幸免于难。

刘秀被邳彤的忠心很所深深感动，公元24年（更始二年）五月，汉军攻占邯郸、斩杀王郎之后，刘秀就把邳彤封为武义侯。

刘秀消灭王郎之后，河北的数十支流民军，成为刘秀占据河北的主要障碍。刘秀向流民军发动了一系列的进攻，邳彤随刘秀参加了这一系列的军事行动。公元25年（更始三年），在消灭流民军主力之后，刘秀率军回蓟，命令邳彤、耿弇、吴汉、景丹、盖延、朱祐、耿纯、刘植、岑彭、祭遵、王霸、坚镡、马武、陈俊十三将军继续追击流民军残部，邳彤诸将在潞东、平谷，连续重创流民军，斩首一万三千余级，最后一直追到右北平郡的无终县（今河北蓟县）、土垠县（今河北丰润东）、俊靡（今河北遵化西北），将流民军残部消灭得干干净净。

公元25年（建武元年）六月，刘秀称帝，更封邳彤为灵寿侯，因为大司空王梁常年在外征战，还任命邳彤代理大司空。

公元25年（建武元年）十二月，汉军攻占洛阳，公元26年（建武二年），邳彤随刘秀入居洛阳，被拜为太常（掌管礼仪祭祀的官员），一个多月之后又改任为少府（九卿之一，掌宫中御衣、宝货、珍膳等），同年，刘秀又免去邳彤少府的职事。转而任命邳彤为左曹侍中，让他经常跟随自己出征作战。

公元30年（建武六年），邳丹辞去官职，回到封国。同年病逝。

《后汉书》：“凡言成事者，以功著易显；谋几初者，以理隐难昭。斯固原情比迹，所宜推察者也。若乃议者欲因二郡之众，建入关之策，委成业，临不测，而世主未悟，谋夫景同，邳彤之廷对，其为几乎！语曰“一言可以兴邦”，斯近之矣。”

谈迁：“而邳彤、万脩运奇掌上，逐鹿而树万全之功，非佐命巨擘乎？”（《枣林杂俎》）

汉明帝永平年间，明帝追忆当年随其父皇打下东汉江山的功臣宿将，命绘二十八位功臣的画像于洛阳南宫的云台，邳彤名列第二十七位。

清朝中叶，人们将邳彤附会为安国县信奉的神医“皮王”（邳与皮同音），从此之后，邳彤被尊为“药王”，位于安国县的药王庙是中国现存规模最大的纪念医圣的祠庙建筑群”，亦为全国重点文物保护单位。

河北省保定市安国市现存有邳彤墓。据公元1880年（光绪六年）年夏天，进士出身的沈鸣珂撰写《增修明灵昭惠显祐王庙碑记》中记载：“考之邑乘，王为光武时二十八将之一，邳姓彤名，（安国县）邑之南关有王之故墓在，遂祀焉”。

公元1404年（明朝永乐二年），以邳彤墓为中心，在宋朝所建药王庙的基础上扩建药王庙。药王墓亭在药王庙的中院。墓为亭式，木拱起脊，琉璃瓦顶，外形玲珑别致，富有民族特色。墓碑上书有“敕封明灵昭惠显王之墓”。墓碑南北两廊及西面，碑碣林立，有几十块之多。