同治五年（1866年），善耆出生，他是清太宗皇太极长子肃亲王豪格的第十代嫡孙。祖父为华丰，死后谥曰恪；其父隆懃，官至内大臣。善耆从小习武，英武过人，有传闻说，他曾空手夺取过洋流氓的手枪。

光绪十三年（1887年），封二等镇国将军。光绪二十五年（1899年），袭肃亲王爵。光绪二十六年（1900年），八国联军侵入北京。光绪帝和慈禧太后从北京仓皇出逃，行抵大同时，慈禧命善耆回京，会同庆亲王奕劻、大学士李鸿章办理善后事宜。善耆回京不久，结识了在日军中担任翻译官的川岛浪速，两人相见恨晚，后来拜了把兄弟。善耆在川岛浪速等人支持下，根据日本警察法和北京城的现状，编成巡捕队（这就是日后北京警察的滥觞）。

在庚子之变中，肃亲王府被八国联军一把火彻底烧毁。为了补偿肃亲王府的损失，朝廷将崇文门正监督这个肥缺给善耆以作补偿。崇文门监督是清代京师的税务总管，统管崇文税务总局及23个分局，负责征收出入京城的各种货税，是个人人垂涎的肥差。因有补偿之意，朝廷规定上缴税款由历年的30万两降为12万两，余下的尽可以收入善耆个人腰包。偏偏善耆不领此情。就任伊始，他就大刀阔斧整顿官吏，严禁贪污受贿。在不到一年的时间内，崇文门监督收纳的税金扣除支出后，竟高达60余万两，善耆自己没有留下一两，全额上缴了国库。以往洋人带货入京不纳税，他改为一体纳税；以往商民入关由经济人包揽上税，从中抽厘，他改为官员直接验货收税，减去了中间盘剥的环节。善耆这一举动无形中将他推到了某些权贵的对立面。未及多久，他就被庆亲王奕劻参奏弹劾，惨遭罢免。

光绪二十八年（1902年）4月，善耆再次出任工巡总局管理事务大臣，意气风发的善耆在其任职的1年零8个月的时间内，锐意革新，留下了不少可记录史册的成绩。其中之一即是整修王府井大街。庚子年以前，王府井一带路面很窄，凹凸不平，常常是晴天一身灰，雨天两脚泥，街道两边的店铺很少。《辛丑条约》签订后，王府井南口的东交民巷成了使馆区。鉴于此地出入的洋人增多，善耆很快意识到此地潜在的巨大商业价值。经他奏请，光绪二十九年（1903年）2月，王府井大街路东建成了“东安市场”，随之，相继出现了大大小小的许多店铺，而且街道也得到了拓展整修。当时京师呈现出新的气象。善耆还明令在西珠市口内开设名为“文明茶院”的戏院，戏院楼上为女座，楼下为男座，取消了妇女不能进戏院观戏的禁律，在首善之区的北京，一时轰传。

善耆管理工巡局期间，出台了一篇用白话文撰写的禁止燃放鞭炮的告示，其中“正值年关，天气干燥，市民燃放鞭炮需严加注意”等字句，与今天我们告示中的用语可说是没有什么不同。此事引起了京城《京话日报》的关注，认为善耆此举无疑推动了白话文的推广进程。善耆在工巡总局之外，设立中东西三个分局，建立起新式警察机构。善耆担任民政部尚书后，在全国范围内推行警政、户口、卫生、市政等方面的建设。担任过北洋政府内务总长和安徽省长的许世英曾经在善耆手下主管京师治安。有一次，善耆的福晋不遵守交通规则，许世英责令罚银十元。但是许世英此举不但未获罪责，反而得到善耆的赞赏。

然而，善耆这些具有改革意义的作法在当时并不被认同。终于，在他提出撤销步军统领衙门的建议时，遭到了顽固守旧派的抵制和反对，唆使步军统领衙门的2万余官兵到庆亲王那儿控诉，善耆又一次被罢免。

宣统二年（1910年），汪精卫秘密潜来北京，图谋刺杀溥仪的父亲、清王朝摄政王载沣。汪精卫行刺不成被捕，朝廷责成善耆负责审理此案。审案过程中，善耆看到汪精卫的手稿《革命之趋势》、《革命之决心》、《告别同志书》之后，感慨万分，遂有了不杀之意。此外，善耆已经预感到清王朝的统治岌岌可危，认为此时杀几个革命党人无济于事，不如以怀柔手段对付之。在其力促之下，汪精卫得到从轻发落，仅以“误解朝廷政策”之罪名，被判处永远监禁。不久，又得以释放。

汪精卫入狱期间，善耆多次到狱中看望他，想借机做汪的思想工作，希望能为己所用。但结果是，两人的谈话每次都如一场辩论赛，二人旗鼓相当，谁也说服不了谁。善耆私下里与人半是玩笑半认真地说：“如果不是出生在王族，我早就加入革命党反叛朝廷了。 ”而汪精卫见善耆谈吐文雅，远见卓识，非一般愚钝无能的昏官污吏所能比，也生敬佩之心。后来，人们问起汪精卫对善耆的印象时，汪精卫只评价了一句：“一位了不起的政治家”。

宣统三年（1911年）10月，张绍曾和蓝天蔚在滦州发动“兵谏”，清廷被迫下罪己诏，宣布解除党禁、特赦国事犯。乘此机会，善耆建议清廷释放汪精卫。

宣统三年（1911年），武昌起义爆发，清王朝的统治陷入土崩瓦解的状况。民国元年（1912年）1月12日，善耆与良弼、溥伟、铁良等组织“君主立宪维持会”（俗称“宗社党”），反对南北议和与清帝逊位；1月19日，宗社党发布宣言，主张罢黜袁世凯，组建“战时皇族内阁”，由铁良任总司令，组织忠于清室的军队与革命军决战。1月17日，清廷召开御前会议，讨论溥仪退位事，宗室溥伟竭力反对。1月26日，良弼被革命党人彭家珍炸伤，两日后死亡，宗社党胆落，王公亲贵纷纷逃匿。

同年2月，溥仪退位，清朝灭亡。在川岛浪速的怂恿下，2月6日，善耆携家人逃到旅顺，继续为复辟清朝而努力。来到旅顺后，善耆死心塌地投入日本人怀抱，鼓吹“中日提携”。7月，日本明治天皇去世举行大丧时，他竟以清室贵胄之尊，身着丧服，斋戒素食，为其服丧三天。

民国三年（1914年）元旦，日本大正天皇即位，他冒着刺骨的寒风登上旅顺白玉山，拜谒日本侵华将士的亡灵。为拉近与川岛浪速的关系，他还将最小的女儿、年仅六岁的十四女金壁辉（即川岛芳子）送给川岛当养女。每逢川岛来拜访，他必带领全家老小到家门口排队等候，亲自上去拥抱迎接，还让最年轻的侧妃陪着川岛浪速畅饮。

善耆于民国元年（1912年）6月开始，全力组织“勤王军”来配合日本政府策动的“满蒙独立运动”。第一次，善耆准备在民国元年（1912年）9月20日起事。他将购买的大批军火伪装成农具，由公主岭运往内蒙古。可就在这批军火运抵郑家屯附近时，被吴俊升的军队截获，47辆大车全部被收缴。第一次“满蒙独立运动”就这样胎死腹中。

民国四年（1915年），袁世凯称帝，善耆认为复辟的时机成熟了，便开始紧锣密鼓地活动。他的计划是：由辽宁千山的部队点起讨袁烽火，与巴布扎布的蒙古军队合力拿下北京，建立一个“包括内外蒙古、满洲三省和华北为一体”的大王国，然后请溥仪即位。为了计划成功，善耆动用了全部家财，把自己所有的农田、森林、金矿、牧场、煤矿都抵押了出去，向日本财阀大仓喜八郎借款100万元，他用这笔经费，招募了大量土匪，进行军事训练，磨刀霍霍，踌躇满志。正当善耆以为复辟指日可待时，袁世凯暴毙，“扶清讨袁”的口号已经失去意义。日本人为了避免引起中国人的反感，开始压制善耆，不让其轻举妄动，满蒙运动再告失败。

这次失败，不仅让善耆的精神备受打击，也导致其倾家荡产，失去了东山再起的财力。

此后，善耆深感复辟无望，便把希望寄托在子女身上。他不许子女作中国的官，也不许为中国的民。到旅顺后，他把38个子女（男21、女17）陆续都送去国外，除3个儿子分别去了英国、德国、比利时，其余全部进了日本学校。当他一个女儿在日本出嫁时，他特地在陪嫁中添进一套日本和服，告诫其不可忘记日本的恩情，牢记将来与日本提携之事。

民国十一年（1922年）2月27日，善耆因抑郁成疾，在旅顺不治而亡，终年56岁。遗体运回北京肃亲王墓地安葬。废帝溥仪嘉奖善耆的忠诚，追赠谥号“忠”，全称肃忠亲王。

光绪二十八年（1902年），善耆出任工巡总局管理事务大臣，他在任期间整修王府井大街。特别是《辛丑条约》签订后，王府井南口的东交民巷成了使馆区，善耆很快意识到王府井潜在的巨大商业价值。次年，王府井大街路东建成了“东安市场”，随之，相继出现了大大小小的许多店铺，而且街道也得到了拓展整修。当时京师呈现出新的气象。

善耆在工巡总局之外，设立中东西三个分局，建立起新式警察机构。善耆担任民政部尚书后，在全国范围内推行警政、户口、卫生、市政等方面的建设。担任过北洋政府内务总长和安徽省长的许世英曾经在善耆手下主管京师治安。

武昌起义爆发后。善耆于民国元年（1912年）与良弼、溥伟、铁良等宗室贵族势力组织“宗社党”，并且发布宣言，主张罢黜袁世凯，组建“战时皇族内阁”，组织忠于清室的军队与革命军决战。良弼被革命党人炸死之后，宗社党胆落，王公亲贵纷纷逃匿。溥仪退位之后，清朝灭亡。在川岛浪速的怂恿下，善耆逃到旅顺继续为复辟清朝而努力。来到旅顺后，善耆死心塌地投入日本人怀抱，鼓吹“中日提携”。民国元年（1912年）6月开始，善耆全力组织“勤王军”来配合日本政府策动的“满蒙独立运动”。但是两次皆失败。

孙宝瑄：得材干之人易，得廉洁之人难；得廉洁之人易，得廉洁而能体下情之人难。使天下办事人尽如肃王，何患不百废俱兴焉！

汪精卫：一位了不起的政治家。

善耆贵为亲王，性好诙谐。某日客人来访，谈到某人以名字工对词句的趣闻，善耆笑着说，照这么说来，我的名字善耆，不是可以对“恶少”了吗？因为“善”有“好”的意思，“耆”有“老”的意思，所以善耆出此工对。他书法秀媚，工小词，客人曾以“人淡如菊”请对下句，他应声道“后来其苏”。在座者都叹服他的思维敏捷。

善耆是出名的戏迷，府中建有戏台，尤其喜欢僚属们陪着他演戏。任镶红旗汉军都统时，属下韩秀峰任副参领，韩一家都嗜好京剧，其兄是有名的武生，善耆久已闻名，遂约韩氏兄弟到府中研究戏剧，并提升韩秀峰为正参领。韩秀峰被提升后的谢礼，是他弟兄亲自画的京剧脸谱一册，泥捏脸谱人头一匣，善耆赞叹不已。

善耆共有5个夫人，生有38个子女。其中第十四个女儿显玗（金壁辉），被过继给日本人川岛浪速，改名川岛芳子，后因间谍罪于战后被枪决于北京；第七个儿子宪奎（金壁东）曾担任满洲国的新京特别市市长、龙江省省长、满洲映画协会理事长等职务。

善耆长子宪章将长女廉铝过继给川岛浪速，更名川岛廉子。

画家连经是善耆第十六子宪方之子。善耆第十二女显珴的女儿金若静，曾将《溥杰自传》翻译为日语。此外，善耆的第十七女显琦（1918-2014），被称为“清朝最后的格格”。

《清史稿·卷二百十九·列传六》