1927年参加北伐战争，任国民革命军第十师第二十九团政治指导员。

同年参加南昌起义。

1929年留学日本。

1931年九一八事变时，被推选为“中华留日同学会”主席。

1933年毕业于日本早稻田大学研究院，1934年归国，后曾任翁源县县长，中山大学、东吴大学、勷勤大学的经济学教授，文化大学校长。

1946年春协助蔡廷锴成立中国国民党民主促进会。

1948年中国国民党革命委员会成立时当选为第一届中央委员。

1949年出席中国人民政治协商会议第一届全体会议，参与制订《共同纲领》、议决国徽国歌国都和第一届中央政府人选。

秦元邦一生中虽遭遇五陷囹圄之苦，但从未改变其对民主、真理的革命追求。

建国后，历任广东省政府委员、省教育厅副厅长、省体委主任、省政府副秘书长兼文教办公室主任（主管广东省高教局、教育厅、卫生厅、文化局、省体委等工作），民革第二至六届中央委员、广东省委副主任委员、中央监察委员会常委。

著有《原始社会之土地形态的研究》（商务印书馆，1946年出版）；《长行庐诗词选》等。

1948年1月，我国著名的爱国民主人士李济深、何香凝、冯玉祥、蔡廷锴、张文、谭平山、柳亚子、邓初民等在香港组织成立中国国民党革命委员会，宣布与国民党反动派彻底决裂，反对蒋介石，拥护共产党，联合民主党派爱国人士，推倒蒋家皇朝，建立新中国。在广州、上海、四川等地，纷纷设立地下机构，开展工作。是年7月，民革广东组织，在合浦地区吸收退役和现役军人参加中国国民党民主促进会（简称民促，是中国国民党革命委员会的组织之一），成立分会。分会筹备成立广东合钦灵防边区人民军指挥部，发动合浦地区国民党的保安队、联防队反蒋起义，配合中共粤桂边纵武装作战。可惜此事被叛徒叶其润出卖，向八区专员公署告密，王宗兴等九人被专员董煜派兵逮捕，解来广州。8月15日，民革广州的领导人秦元邦教授和成员叶少泉、余勉群、蓝其伟、杨耿森（原名杨光武）、邱忠等人因此被捕。

1949年1月，蒋介石发表元旦文告宣布下野，让副总统李宗仁上台，为缓兵之计进行和平谈判。北平国共和谈，要李宗仁释放政治犯是和谈内容之一。不久，国民党释放了秦元邦、叶少泉两人，秦元邦教授和叶少泉获释后，即赴香港向民革组织汇报，向中共主办的《华商报》揭发国民党广州当局，秘密逮捕民主人士、爱国学生，监禁在秘密监狱里进行非人道的迫害、暗杀的暴行。《华商报》发表了《血债血偿还》的评论文章，警告国民党广州当局。