学术成果
著作
《半透明之镜：清帝国意识形态中的“历史”与“身份”》
《孤军：满洲三代家族与清世界的灭亡》
《世界史：地球及其人民》
《全球社会：1900年以来的世界》
《帝国之于边缘：近代中国文化、族群性与边界》
《什么是全球史（书写大历史）/what is global history》
论文
《满洲氏族的来源和演变》，1983，耶鲁大学历史学博士学位论文
《佟家在两个世界》，《清史问题》1983年第4期
《清朝开国神话浅论》，《明清史论丛》1985年第1期
《满洲源流考与满洲文化的程式化》，《亚洲学会学刊》1987年第4期
《乾隆朝汉军八旗的衍变》，《明清史论丛》1989年第1期
《对晚清民族问题的思考》，《明清史论丛》1990年第2期
评价
《孤军》
全书以后金八旗满洲军功贵族费英乐后裔，苏完瓜尔佳氏观成（约1790-1843年）、凤瑞（1824-18906年）、金梁（1878-1962年）祖、父、孙三代家族为经，纵向论述从十九世纪中叶至二十世纪三十年代，这三代家族的荣辱与沉浮；复以其时社会文化环境为纬，横向阐述清朝从盛转衰、由危而亡的历程。本书的著者，运用多种文字资料，选用广阔历史视角，以独到的见解，严谨的逻辑，透过八旗满洲观成——凤瑞——金梁三代家族的动态分析，阐明清朝必然灭亡结局。
在清史、满学专著中，对满族进行阶层的分析与研究，《孤军》尚属首例。以前的清史、满学研究，往往以满，汉画分畛域，探讨满洲对重大历史事变的态度。这是必要的，却是不够的。因为满洲是可以。而且应当分层次的。于满洲——贵族、中产、平民，因其氏族旗分、军政权势、经济地位、文化环境和心里状态的不同，而对重大政治事变所持的态度也不同。以戊戌变法为例，尽管朝廷中有保守与维新之分，但就满洲总体而言，不同阶层的态度是异中有同，同中有异。满洲中的权贵阶层，为维护其固有利益而拥护君主专制；平民阶层，认为有皇帝即有钱粮，朝政变与不变，于已无关痛痒；中产阶层，既愿有皇帝以阶持其享有的权益，又忧国忧族，冀施行宽政，以利于国强民富，因而主张君主立宪制。总之，满洲的不同维层都希望满洲人做皇帝，但对变法维新的态度则因阶层不同而有所不同。金梁是满洲中产阶层的一个实例。
《半透明之镜》(《昧晦之鉴》)
柯娇燕的《半透明之镜：清帝国意识形态中的“历史”与“身份”》洞见深刻，标志着十年来清史研究的巅峰。与美国历史学家Mark Elliott，Peter Perdue等人的出色合作，使柯娇燕将我们对于清帝国早期现代民族身份之形成的理解提升到一个前所未有的阶段——既包涵复杂性，又有理论清晰度。
谈满语保护
对于我们从事满族史、清史的学者来讲，教研究生的时候，首先要求研究生先学中文，会讲中文，然后学习满文。因为我们到中国做研究，首先用到的是中文，然后是满文。看满文材料非常重要，但是讲满语不是很重要的，因为我们到中国的时候碰见一个只能讲满语的人不可能。对于我们研究清史的人来说，满语包括满文最大的价值是，乾隆政府18世纪把满文标准化、简单化，我们知道那不是真正的满语，那不是人们使用的满语，没有地方性，真正会讲满语的旗人，如果用他们使用的方言写东西，这在地方行不通的，因为皇帝会批评他们为什么不使用标准的满语。现在我们知道满族人在民间使用的满语是真正的满语。
所以说，目前在中国黑龙江省一些地区保留的民间满语非常重要，我们可以把现在一些地方讲的满语，和18世纪的满文材料进行比较，看看清朝皇帝政府在18世纪把满语改变多少，这对我们的研究，是非常有价值的，而且，对世界文化遗产的保护也有好处。总之，所有的人类语言只要能保护下来的，我们都要保护，因为这是人类的思想法，很多认为人类的思想保存在语言里，如果人们使用的语言不存在了，我们不能接触人类的思想。但是，我们也应该承认，过去的人类语言多半都消失了，甚至连一点痕迹都没有，那就是历史的发展轨迹。满语运气很好，现在保留下大量满文资料，还有会讲满语的人，还有锡伯族讲的满语方言还在使用，在中国、美国还有教满语学习满语的人，满文满语还在，当然要保护。
我认为，现在民族认同和语言没有多大的关系，比如，在美国，认同共同体很多，如亚裔美国人、西班牙裔美国人，非洲美国人，很多很多，他们都讲英文，在学术上我们已经好久不是依靠语言来识别民族，也不是依靠服装、居住地等现象，而是要看文学、民间风俗，最重要的是要看历史，一个民族和历史的关系，一个民族成员和民族共同体的关系以及民族内在的自我认知，语言对民族认同当然有影响，但不是很重要的，我们都是人，我们可以说同一种语言，尽管我们说同一种语言，可是我们每一个人的看法是不一样，无论哪一种语言都可以表达你的思想。但是，如果我们了解人类的成就、经验，当然我们要接触出多种语言。我们要了解人类的思想有多少不同的样子，没有语言我们就不知道。
现在美国常常强调人类认同多样性，如，欧洲以包括德国、法国、西班牙、意大利、比利时等多个国家，现在成立欧洲联邦政府，假如你是德国人的话，你现在可以说我是德国人，也可以说是欧洲人，所以说，现在人类的认同不是只有一个，而是多样化的。同样，如果你是满族，你的认同包括满族人，中国人，亚洲人，等等，这些都是你的认同，不是一个而是多个。现在世界上的每个国家渐渐都承认多种民族认同观。