（1596年6月29日－1680年9月11日），是 后阳成天皇第三皇子，母亲为女御近卫前子。名叫政仁，于1611年接受后阳成天皇的让位。原本后阳成天皇有意将位置让给他自己的弟弟 八条宫智仁亲王，因此后水尾天皇与其父之间关系并不和睦。 　　后阳成天皇的让位是出于 德川家康的意思，由于幕府初建，需要朝廷的权威做为后盾，而朝廷则需要幕府的金钱援助，只好屈从幕府威势下。1619年，后水尾天皇因为宠爱的女官已生下一子一女的事被传到当时将军 德川秀忠那里，引起秀忠强烈不满。1620年，由于朝廷迫于对德川家金援的需要，天皇不得不迎娶秀忠之女 德川和子入宫。 　　宽永四年(1627年)，发生 紫衣事件，朝廷为了财政，事先未同幕府商量，允许 大德寺和 妙心寺僧侣数十人穿紫衣。但是幕府制定僧侣之诸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕许无效。让朝廷很没面子； 宽永六年(1629年)，将军 德川家光竟然派他的乳母 春日局前往面见 天皇，由于春日局无官无位却前往面见天皇（春日局的义兄是朝廷公卿三条西实条，而且春日局的父亲是 明智光秀的部下 斋藤利三，前任丈夫是大名 稻叶正成），被天皇认为是 奇耻大辱，觉得幕府没有把他的权威放在眼里。于是在同一年，愤怒的天皇无预警让位给才只有七岁不到的皇女兴子内亲王，是为 明正天皇。这是为了显示幕府想以自己的外孙继承皇位的野心。

　　后水尾天皇退位后，仍以太上天皇身份摄政，另外也致力于 和歌与 佛道。于1680年过世，葬于 月轮陵。