永正11年（1514），自先祖长清以来人才辈出，创立了集合“弓法”、“马法”、“作法”为一体的《小笠原兵法》的有名的弓马之家小笠原氏迎来的他的嫡流子孙小笠原长时。 13岁元服，1541年父亲长栋出家，家督让位给予长时。长成并初继家督之位的长时也是意气风发，力求建立一支强力的家臣队伍以威震四方。甲府大名武田晴信（即武田信玄）开始入侵信浓国，长时与附近大名组成了反信玄的阵线。1548年7月，乘信玄在上田原之战大败入侵晴信领土，在盐尻峠之战受到重创。这一战对于小笠原长时来说不但是大败，更是精英尽失。之后中信浓林城的陷落也是没有任何悬念的。 　　

失去领地的长时并没有被降伏，而是投靠了更北边的村上义清。在投靠义清期间，长时也是屡次征战，试图恢复却终未如愿。终于，小笠原家复兴最大的机会到来了。天文19年（1550）年，武田家遭遇到了被称为“户石崩坏”的入侵信浓以来最大的败绩。长时和其家臣二木重吉引兵1000乘乱强攻志深城，试图恢复旧领。可这时，就算是失败的武田军仍然有10000多人，他们向没有村上军支持的略显孤立的小笠原军发起反攻。几番拼杀之后，眼见夺城无望又面临全队溃败的长时挥舞手中的名刀——千代鹤突入敌阵，瞬时间斩落18骑，众兵将也在其鼓舞下奋力死战，最后以斩获首级300颗的战果击退的武田军。 　　

再后来发生的便是小笠原氏的最后一战——中塔城笼城战。中塔城原本是二木氏的居城，是在主家无城可居时才让给长时的。武田氏在笼城期间数度进行劝降，长时始终以“信浓名门之后不降甲州田舍之徒”作为回应。虽然在此战中，小笠原众依旧表现的非常勇武，但还是改变不了家族衰落的命运。半年之后，兵败城破，而小笠原长时又一次幸运地突破重围。

失去领地的小笠原长时转而投奔势力更加强劲的上杉谦信，几年之后又离开越后改投山城国的足利义辉，成为了将军的弓马师范。不久，将军被三好一门暗杀，长时只得成为三好氏的食客。后来，三好氏在畿内的领地又被织田信长夺取，小笠原长时继而归附了会津的芦名氏，并依旧试图复兴。1582年三男贞庆恢复大名身份，次年，长时准备回归时，终和妻子一起被不愿再跟着吃苦的家臣坂西胜三郎暗杀，结束了他颠沛流离的一生，享年70岁。