受遗命就学于刘宗周。早年曾参加东林党，反对封建专制。清兵入关，又积极反清，被任为左副都御史。明亡后，隐居不仕，著书立说。康熙中，荐修《明史》，力辞不就。学问渊博，与孙奇逢、李颙并称三大儒。尤多藏书，喜抄书、借书。读遍家中所有藏书，仍嫌不足，借抄于范钦“天一阁”、曹溶“倦圃”、徐乾学“传是楼”。钱谦益“绛云楼”、祁氏“澹生堂”、钮氏“世学堂”等藏书楼之书。每出走回归，常带一书童携书同返。后“澹生堂”书散出，精华亦大半归于他。并与许元溥、刘城约为抄书社，世所罕见之书，多赖以得传。建书楼“续抄堂”于南雷，思承东发（即南宋学者黄震）之绪。藏书目的在于系统收集明代资料，提倡藏书在于致用，反对只藏不用、视为珍玩的鉴赏家。告诫学者：“当以书明心，勿玩物丧志也”。他收集史料的方法，也影响了同代的学者如全祖望、厉鹗等人，对清代文化、学术的发展有一定影响。其子黄百家，撰有《续抄堂书目》。。

　　浙江学派的创立者

　　著有《宋元学案》、《明儒学案》、《明夷待访录》、《南雷文案》、《明史案》、《明文海》等。藏书史料有《天一阁藏书记》、《传是楼藏书记》等

　　批判君主专制，提出君臣平等，限制军权，废除君主专制下的“一家之法”建立“天下之法”反对重农抑商思想，认为工商皆本。

　　为中国反对专制主义的思想家们提供了有力的思想武器