1890年(光绪十六年)主湖南桂阳州(今桂阳县)、龙潭(今溆浦县)书院讲席。中日甲午战争后，愤于《马关条约》的丧权辱国，极言变法不可缓。1898年春，任“南学会”会长，主讲学术。开讲三月，讲演十二次，所言皆贯穿汉、宋，溶合中西；宣扬保种保教纵论变法图强。其讲义及答问均刊于《湘报》上。当顽固派诋毁“南学会”时，他不避艰险，往复辩论，表现了救亡图存的热情。“戊戌变法”后，清政府下令革去其举人身份，逐回原籍，交地方官严加管制。晚年长期任教，并任长沙定王台图书馆纂修。博览群书，创通大义，今文经学造诣很深。所著《五经通论》，皆为其心得，示学人以途径。《经学历史》则是经学入门书。他主张解经当实事求是不应党同妒真，对各家持论公允为晚清经学大家之一，工于诗及骈文。著有《师伏堂丛书》、《师伏堂笔记》、《师伏堂日记》等。

　　皮锡瑞生于道光三十年十一月十四日（1850年12月17日）。12岁补县学生员。光绪九年（1883）举人。以后多次参加会试皆落第，绝意科举，潜心讲学著述。因景仰西汉《尚书》今文学大师伏生，署所居名师伏堂，学者称为师伏先生。十七年任湖南桂阳州龙潭书院讲席。两年后任江西南昌经训书院讲席。

　　光绪四年

　　左宗棠平定新疆后，皮锡瑞认为新疆是俄国垂涎之地，主张屯田，巩固边防。九年，日本占领琉球、法国占据安南东京（今越南河内）后不久，他代好友云贵总督署任职的王怀钦作疏，请求政府收复琉球，援救安南，积极抵御外国侵略者。中日甲午战争后，他对签订《马关条约》极为愤慨。又先后读到康有为《新学伪经考》和郑观应《盛世危言》等著作，受到影响，开始倾向变法。认为当务之急“宜先靖内乱，严惩贿赂，刻绳赃吏，责帅以法，实事求是。且必先改宋明陋习。不必皆从西俗”。在光绪二十二年（1886）给黄鹿泉信中，极言变法不可缓，指出“中国局势如同病入膏肓，欲学医以治之，亦恐缓不济急，况尚有沮之者！”

　　光绪二十三年（1897）

　　维新运动兴起以后，皮锡瑞从江西回湘探亲，应熊希龄等人邀请，留湘赞助新政。次年春，在南学会主讲学术，指出“中国微弱，四夷交侵，时事岌岌可危”，政府当局应“深知变通以开民智，求人才为急务”，众人讲求“有体有用之学”，匡济时艰。他共讲演12次，自称“其大旨在发明圣教之大，开通汉宋门户之见；次则变法开智，破除守旧拘挛之习”。因其所讲，能贯穿汉宋，融合中西，沟通时事，深受听众欢迎。其讲义及问答，都刊登在《湘报》上。其子嘉祐又作《醒世歌》，有云“若把地球来参详，中国并不在中央。地球本是浑圆物，谁居中央谁四旁”？南学会一些讲演，受到顽固派的诋毁攻击，王先谦、叶德辉等在《湘绅公呈》中尤指名说：“虽以谨厚如皮锡瑞亦被煽惑，形之论说，重遭诟病”。而皮锡瑞却态度自若说：“明知而不避者，以时急如救焚拯溺，即焦毛、濡手足，所不辞也。”曾往复辩论，驳斥叶德辉等所谓“附异端”、“悖正学”之说。四月，仍回南昌经训书院，继续宣传维新变法。不久，南学会停讲，他写信给陈宝箴和熊希龄等说：“宜以坚忍镇定待之”。五月，江西高安邹殿书创办经济学堂，设立励志学会。他应邀讲学，又为江西顽固派所嫉。

       光绪二十四年八月初六日（1898年9月21日）

　　戊戌政变发生，谭嗣同等六君子惨遭杀害。江西顽固派御史徐道焜等劾奏皮锡瑞“离经畔道，于康有为之说心悦诚服”。翌年正月，清廷着江西巡抚将皮锡瑞驱逐回籍。又敕湖南巡抚将其革除科名，交地方官严加管束。此后皮锡瑞长期从事教学，历任湖南高等师范馆、中路师范、长沙府中学堂讲席，学务公所图书课长及长沙定王台图书馆纂修等职。皮锡瑞博贯群经，创通大义，今文经学，造旨尤深。所著《五经通论》，胪列心得，示学人以途径；《经学历史》，尤为经学入门之作。主张解经当实事求是，不当党同妒真，对各家持论公允，为晚清经学大家之一。又工诗和骈文。所著《师伏堂集》，刊于光绪三十年（1904），多收青年时代作品，计有骈文4卷、诗6卷、咏史1卷、词1卷。又著有《尚书大传疏证》6卷及辑有《师伏堂丛书》、《师伏堂笔记》、《师伏堂日记》等。

　　光绪三十四年二月初四月（1908年3月6日）

　　皮锡瑞去世，终年59岁。葬长沙南郊冯家冲。

　　工诗及骄文

　　治经出入于古今文之间，颇与湘绮相类，而笃信《公羊》“改制”之说。又笺《王制》，翼张鲁学，实开近代蜀派之先声。亦颇考郡国利病，有经世之志。光绪季年，陈宝箴抚湘，江标、徐仁铸先后督学，设时务学堂，俾学者究心当世之务，先生赞助甚勇；而叶德辉等诋为悖正教，附异端；乃为文自明所学，其言友道尤沉痛，殆亦《绝交论》已。尝一任京师大学堂经学教习，归而著书以老。所撰百余卷，计数十万言。

　　初治《尚书》

　　有《今文尚书考证》三十卷，《尚书大传疏证》一卷，《古文尚书冤词平议》二卷，《尚书古文疏证辩证》一卷，《尚书中候疏证》一卷，《史记引尚书考》一卷。中攻郑学，有《郑志疏证》若干卷，《三疾疏证》一卷，《圣证论补评》二卷，《鲁礼禘祫义疏证》一卷，《六艺论疏证》一卷，《孝经郑注疏》二卷，《驳五经异义疏证》一卷。

　　晚贯群经，创通大义

　　有《五经通论》五卷，《春秋讲义》二卷，《王制笺》一卷。而《五经通论》胪陈其所心得，示学人以途术。其说《易》也：论《卦辞》文王作，《交辞》周公作，皆无明据，当为孔子所作。论汉初说《易》，皆主义理，切人事，不言阴阳术数，而阴阳灾变为《易》之别传。其说《书》也：论伏生所传今文不伪，治《尚书》者不可背伏生《大传》最初之义。论伏传之后，以《史记》为最早，其引《书》多同今文，不当据为古文。论《禹贡》山川，当据经文及汉人古义解之，不得从后起之说。其说《诗》也：论《诗》比他经尤难明者有八。论毛义不及三家，略举典礼数端可证。其说三《礼》也：论三礼之分，自郑君始。论三礼皆同时之礼，不必聚讼，当观其通。论《周官》当从何休之说，出于六国时。论《王制》为今文大宗，即《春秋》素王之制。其说《春秋》也：论大义在诛讨乱贼，微言在改立法制。孟子之言，与公羊合。朱注深得孟子之旨。

　　其余

　　有《汉碑引经考》一卷，笔记一卷，《自课文》三卷，骈文四卷，诗草六卷，咏史一卷，合刊为《师伏堂遗书》。其孙名振，重校梓行。