马得功初仕明朝，官至总兵。顺治二年（1645年）六月，清朝豫亲王多铎进军江南，南明弘光帝朱由崧由南京仓皇逃往芜湖。当时马得功早已对严重内讧、苟且偷安的南明小朝廷失去信心，他与另一位总兵田雄捉住朱由崧和他的妃子投降清朝[1] ，多铎命令马得功担任原官职随军征伐。不久，授任镇江总兵，隶属汉军镶黄旗。

当时江宁初定，南明瑞昌王朱谊泐（一作朱谊氻）占据花山、龙潭之间。顺治三年（1646年）九月，朱谊泐图谋攻取江宁， 但因事情泄露，于是逃往镇江。马得功率军抓获朱谊泐，并将其斩杀。  不久，马得功因招收盗贼入伍，而遭到降职。

顺治四年（1647年），大学士洪承畴奏请朝廷，让马得功担任其副将。不久，马得功跟随浙闽总督张存仁征剿福建建宁、邵武地区的山贼，攻克松溪、政和、建阳、崇安、光泽等县，随即奉命驻守松溪。后攻克庆元、永春、德化等县。

顺治六年（1649年），马得功升任福建右路总兵，加任都督佥事。同年，马得功攻克南安，击败海盗林忠。不久，马得功捕获兴化、仙游、惠安诸县的海盗郑丹国等人。

当时郑成功占据厦门。福建巡抚张学圣侦察到郑成功刚出兵，于是命令马得功率军进攻厦门，将其攻克。郑成功回军援救，再次夺回厦门，继而包围漳州，攻破海澄。马得功退守泉州，与固山额真金砺会合解除漳州之围。朝廷因马得功起初攻克厦门时，贪取财物，使得郑成功有机可乘，让厦门得而复失，于是下令将他逮捕治罪。不久之后，朝廷再次赦免马得功。

顺治十一年（1654年），朝廷追叙马得功以前的功勋，赏赐给他一品顶带，让他出镇泉州，担任泉州总镇府总兵。马得功向朝廷陈述，自己与田雄同降清朝，请求引用田雄的先例赐封世袭爵位，于是朝廷赐封马得功为一等精奇尼哈番，加任都督同知。

顺治十三年（1656年），马得功升任福建提督。当时郑成功占领闽安，此前十多年间，闽安形势呈半明半清状况。闽安是福建要地，郑成功把闽安作为反清复明、收复台湾的战略基地，增修城垣，层栅峻垒，构筑炮台，防固周密。并在镇外添筑崇新寨等五寨，旌旗相望，表里声援，毁桥断路，遇险设奇。水面上则东倚琅岐，西附罗星塔，舟舰鳞集，随潮呼应，聚集兵力十万余、战船数千艘，扼守闽安。

同年，林忠再次占据永春、德化、尤溪、大田等县，福建巡抚宜永贵命令马得功率军前往讨伐。马得功刚刚出兵，郑成功就派兵从闽安进攻会城，马得功率军返回，与会城士兵夹击郑成功军，解除会城之围。

顺治十四年（1657年）八月，郑成功主力进攻台州，闽安守御力量单薄，仅有弱兵五千余人。朝廷派马得功与固山额真图赖、浙闽总督李率泰、福建巡抚刘汉祚等人合兵攻打闽安，清军水陆并进，昼夜攻击，接连攻破七城 ，于是攻克闽安。 当时，郑成功屡次前来进犯，马得功都率军将其击退。

顺治十五年（1658年），马得功为防止郑成功卷土重来，便在闽安城废墟之上，率部大兴土石，大规模地构筑闽安石头城。城墙周长332丈，沿江岸而建。闽安城里街、协台衙门、城隍顶总炮台皆在城墙内。城墙四周每隔10米设立炮位，故亦称闽安炮城，非常威武壮观。

顺治十八年（1661年），进封三等侯。

康熙元年（1662年），朝廷将福建沿海地区的居民前往内地，马得功击败阻止居民内迁的海盗。

康熙二年（1663年），朝廷大军进攻厦门，当时马得功率领水军随征，并且攻克乌沙。恰逢南风忽起，郑军乘风攻上战船，马得功奋力作战，最终阵亡。李率泰将马得功阵亡的消息奏报朝廷，朝廷进封马得功为一等侯，谥号襄武。 由其子马三奇继承爵位。乾隆十四年（1749年），朝廷确定各侯、伯的封号，以马得功为顺勤侯。

马得功是清初著名战将，功勋卓著，为安定东南沿海、确立闽安军事重镇地位，做出重大贡献。

赵尔巽等《清史稿》：“而定国、梦庚、雄辈及他诸降将，皆袭封如故。”[

《清史稿·卷四·本纪四》

《清史稿·卷二百四十八·列传三十五》

儿子：马三奇，袭封一等顺勤侯，官至潮州总兵。

时郑成功据厦门。巡抚张学圣诇成功方出，令得功攻厦门，克之。成功还救，复陷。遂围漳州，破海澄。得功退守泉州，与固山额真金砺会师解漳州围。以得功初克厦门贪取财物为成功所乘，命逮治，援赦免。十一年，叙前功，赐一品顶带，出镇泉州。得功自陈与田雄同降，援雄例乞世职，授一等精奇尼哈番，加都督同知。十三年，擢福建提督。林忠复据永春、德化、尤溪、大田诸县，巡抚宜永贵令得功率师讨之。师行，寇自闽安迳攻会城，得功引师还，与城兵夹击，围解。十四年，与浙闽总督李率泰等合兵克闽安，成功屡内犯，得功击却之。十八年，进三等侯。