南宫檍于1863年（ 朝鲜哲宗14年）生于汉城。父名南宫泳，朝廷武官，曾任中枢府 都事。自幼精通 汉学。1883年（ 朝鲜高宗20年）在朋友父亲的帮助下就读于官立英语学校“同文学”，翌年以优异成绩毕业，成为 穆麟德的见习生。1886年任内衙门部 主事，成为朝鲜末年最早的 英语翻译官，负责为高宗翻译。1887年作为全权大使赵民熙的随行书记官踏上了巡访 英国、 俄罗斯、 德国的旅程，使团途径 上海，但行至 香港时受到清政府阻挠，在港滞留了两年后被召回。1889年自港回国后被任命为宫内府别军职，受到了高宗的宠爱。1893年任漆谷府使，成功抵御了 东学军的进攻，从而获得了朝廷的信任。1895年任 甲午更张内阁的宫内府土木局长，受到重用，筑造了 塔洞公园，整修了汉城 钟路、贞洞一带及 六曹正门和 南大门之间的道路，并开始涉足教育界，兼任朝鲜近代最早的私立学校之一兴化学校教师，教授 英语语法和国史。

1896年2月“ 俄馆播迁”后，南宫檍辞去了官职。同年7月和 徐载弼、 李商在共同创建 独立协会，当选为首席总务兼协会中央委员、书记、司法委员、评议员等职，成为高层领袖，同时参加了协会机关杂志《大朝鲜独立协会会报》的发行。

1898年9月与罗寿渊、 柳瑾等创建《皇城新闻》，南宫檍任首任社长，积极支援国民启蒙与独立协会的活动。作为独立协会的领袖，南宫檍坚决主张大力施行改革，将 大韩帝国的国体由专制君主制改为 君主立宪制并设立议会，因此在当年11月同17名领导者一同被捕入狱。独立协会被解散后，1900年7月，南宫檍因在《皇城新闻》上撰文刊登日本和俄罗斯的“满韩交换论”，揭露了日本和俄罗斯侵略 韩国的野心并发表了号召警惕心的评论而被警务厅拘禁。1902年5月，南宫檍因为在《皇城新闻》上发表社论，抨击了日本自1894年 甲午农民战争以来一面侵略朝鲜，一面与 俄国缔结俄日协定的侵略本性，而同报社总务罗寿渊再次被警务厅拘捕，遭受4个月的严刑拷问后始获释。出狱后辞去了《皇城新闻》社长职务。

1905年3月，经高宗苦劝，南宫檍再度出山，任星州牧使。任内虽然广施善政，终因日本于当年11月武力胁迫高宗缔结《 乙巳保护条约》，愤而辞官归京。1906年2月再任 江原道 襄阳 郡守，上任伊始即参加 朝鲜爱国文化启蒙运动，于1907年7月在襄阳的东轩（地名）后山创办中等教育机构—— 岘山学校，身体力行救国教育，培养青年。1907年，因日本以 海牙密使事件为借口，强迫高宗禅位并签订丁未七条约，全面强化其侵略政策，南宫檍再次辞官上京，于同年11月与权东镇、吕炳铉、 柳瑾、李宇荣、吴世昌、尹孝定、 张志渊、郑云复、洪弼周等人共同创建大韩协会，南宫檍自任会长，全面开展 朝鲜爱国文化启蒙运动，并发行机关志《大韩协会月报》和《大韩民报》。1908年4月南宫檍创立江原道地区的爱国文化启蒙运动团体——关东学会并自任会长，热心指导江原道的兴学事业，发行 朝鲜文教育救国运动杂志《教育月报》。1910年8月日本吞并韩国，南宫檍认为必须投入新世代教育的现场，同年10月起任汉城培花学堂教师共9年，亲自编写并教授《 家庭教育》、《新编 谚文体法》等教科书，培养爱国女性。1912年又兼任尚洞青年学院院长，致力于鼓吹独立思想、普及爱国歌辞、创造普及韩文书写体等事业。

1918年南宫檍由于健康状况恶化，听从亲友的劝告辞职离开汉城，返回祖先故里江原道 洪川郡西面 牟谷。1919年9月在故乡江原道 洪川郡 牟谷创办牟谷学校，修造 无穷花 苗圃，种植国花无穷花，对青年进行民族独立和反日教育，在全国展开无穷花的普及运动。同时，创作爱国颂歌，在全国的教会和 基督教学校中普及。1933年因组织基督教系统的秘密结社“十字党”、创作《无穷花之歌》和主编朝鲜历史教科书事件被日本警察逮捕入狱8个月。1934年因顾及其年老患病获释，出狱后不久即因酷刑拷问的余毒而逝世。1977年，南宫檍被追授建国勋章国民章。

教育思想主要为：教育青年爱祖国，爱民族，争取独立； 教师和指导者应率先示范，将通过 实践和 行动进行教育作为完成人格的最高目标；主张培养大胆而宽厚的性格；培养坚韧不拔的意志等。

南宫檍的著作主要有《东史略》、《话说朝鲜》、《 家庭教育》、《朝鲜语补充》、《新编 谚文体法》、《朝鲜语文法》等，特别是他创作的歌词《无穷花东山（即无穷花花园之意）》、《大雁之歌》、《朝鲜之歌》、《运动家》、《朝鲜地理歌》等都成为了新文化输入期的著名歌曲，在民间广为流行。