幼时称号澄宫。因为和几个哥哥年龄差距比较大，所以在不同的宫中长大。1936年陆军士官学校48期毕业，他的老师就是著名的豺狼参谋辻政信。1935年被授予三笠宫称号，此后在习志野骑兵学校和陆军大学学习。1941年（昭和16年）10月22日、与高木正得子爵的二女百合子结婚。婚后有宁子内亲王（近卫忠辉夫人）、宽仁亲王、宜仁亲王、容子内亲王（里千家家元倰忘斋千宗室夫人）、宪仁亲王等三男二女。

第二次世界大战期间，与骑兵战术通讯司令部持联系。1943年在侵华日军南京总部任大尉参谋，并兼汪贵族院议员和日本皇室会议成员。1943年5月他上报了日军江南歼灭战（鄂西会战）的战果，认为达到了歼灭敌军和使船只下行两个目的，作战指导包括伪装欺骗、包围、突破等及其巧妙的作战，足以和坦能堡战役和马祖里湖战役像媲美，认为以后只需一个师团就可轻取常德。1944年在军事教育局任职，为大本营参谋，“和平派”的非正式成员，与军内反对东条英机势力有联系，曾密谋发动政变，暗杀东条英机，自任中国派遣军总司令，但政变没有成功（津野田事件），1944年9月为陆军装甲少佐部副，因为这个事件，天皇对他很忌惮，1945年4月的见面的时候还问他有什么打算。

他从战后改学人文科学，1947年4月东京大学历史研究生毕业，1955年后历任东京女子大学、早稻田大学、青山大学、天理大学、拓殖大学教师，日本东方学会会长，法国“碑文·文艺协会”会员。1994年（平成6年）6月伦敦大学东洋·非洲研究学院的名誉会员。日本红十字会副总裁。

2016年5月，三笠宫崇仁亲王因急性肺炎住入东京都中央区的圣路加国际医院接受治疗。

2016年10月27日上午8点34分，三笠宫崇仁亲王因病情恶化印发心脏衰竭去世，享年100岁。

当地时间2016年11月4日上午，以享年100岁成为日本宫内厅记录最长寿皇族的三笠宫亲王崇仁的正式葬礼“殓葬之仪”在东京都文京区的丰岛冈墓地举行，包括日本皇太子夫妇的皇族以及首相安倍晋三等582人出席仪式。仪式丧主是三笠宫之妻百合子，丧主代理是已故长子宽仁亲王的长女彬子。天皇夫妇按皇室惯例未参加葬礼，侍从长河相周夫等作为使者代为送葬。

11月4日下午，遗体在新宿区的落合斋场火化，骨灰在下午举行的“墓所之仪”上安放进墓地石室内。

1943 年三笠宫化名若杉参谋，广泛考察从内蒙到宜昌的中国战场，1944年1月5日对中国派遣军总司令部干部的一个讲话：《作为日本人对中国事变的内心反省》。他在这个讲话中列举日本自甲午战争以后侵略中国的事实，揭露日本军人的残暴行为，说日本对中国是“无所不取，掠夺殆尽”，这样蒋介石又怎么会不反抗，特别指出共产的军队“男女关系极为严肃，等于绝无仅有；对民众的军纪也特别严明，决非日本军队所能企及”，在这种情况下，中共若不“猖獗”，那将成为世界七大奇迹中的第一大奇迹了吧。他还说：“在我看来，这样的日本军队，是无法与中共对阵的。”这份讲话，当时作为“危险文书”被没收，1994年被日本学者从档案中查找出来，经三笠宫肯定后予以发表。

作者曾因在战时反对“特攻”（战时日军独有的利用快速战斗机去直接撞击敌机或敌舰的特殊突击战术），战后又反对保留“纪元节”（即战前日本以史上神代传说中的神武天皇即位之2月11日为国家法定四大节日之一）而引起议论甚至受到指责。他战后从事史学研究，自甘于“庶民”生活，并能主动地以皇族身份首先进行自我批判，在其思想性自传体著作《帝王、填墓与民众》一书（光文社版）中对战争和皇族制度公开提出批判。他每日乘用公共交通工具上下班，被誉为“电车通勒”而一时传为佳话

1998年11月，当时的中国国家主席江泽民到访东京，三笠宫崇仁亲王在日本皇宫举行的国宴上，就日军在战争时的侵略暴行向江泽民道歉说：“我的良知现在仍然令我很伤痛，我想向中国人民道歉。”日本昭和天皇的御弟三笠宫动情地说：“徐福是我们日本人的国父。”在裕仁天皇之弟三笠宫殿下的支持下，1977年卫挺生《徐福入日本建国考》一书在日本翻译出版，至今尚无人提出系统有据的反驳意见来。