村上氏的远祖较有力的说法是清和源氏或村上源氏。在平安时代末期起与伊予河野氏结盟扩张在濑户内海的势力。在南北朝，北畠显家的亲生儿子进入村上家改名为村上师清成为三上村上氏的祖先，但未有在北畠氏史料提及，因此这个说法未能确定。

村上师清儿子分为能岛、来岛及因岛三个势力。每代与伊予河野氏关系深厚，周防大内氏发展，亦成为大内氏家臣。能岛宗另外两家关系不同因岛与安芸儿玉氏及小早川氏关系亲近，至于来岛与伊予河野氏接触比较多，因此很多时候会独自行动。

争夺家督

村上武吉，出身于濑户内海上的能岛村上水军，父亲是村上义忠。村上水军的历史十分悠久，由于濑户内海上的岛屿多半面积狭且土壤贫瘠，无法完全供给岛上居民充分的粮食，所以岛上居民便利用自己对水路的了解成为雄据当地海域的一霸，设立私家海关对来往的船只收取帆别钱，也就是船上货物价格的十分之一，辅以走私、劫掠等海盗行为作为营生。后来村上水军分家，分成能岛、因岛、来岛三家，既各自发展又互相奥援。

1508年（永正5年），村上武吉年幼时祖父村上隆胜被杀死，在父亲村上义忠死后，还是幼童的武吉早早便已卷入与异母兄弟益义争夺家督宝座的风波之中，借助尼子氏家势力支持的村上益义打败了倚重大内家的武吉与叔父隆重，因此武吉被迫流亡至九州岛，逃入肥前菊池家的领地内以避开益义的追捕，因此以其家主菊池武俊偏讳"武"取名为武吉。

后来武吉的叔父隆重反攻成功，又将益义打败，武吉才得以再次回到能岛并继任成为新家主，而失败的益义则流窜至来岛村上家的领地里，并在当地病故。当时武吉为了斩草除根追杀益义，与来岛村上家发生了一些不愉快，益义死后，有鉴村上三家同心同盟的传统，武吉为修补和来岛村上家的关系而决定以双方联姻来巩固两家盟约，于是便娶了来岛村上家当主来岛通康之女为妻。

继任为能岛村上家的家督后，武吉除了继续经营水军的老本行外，也将目标放远，积极推动海外贸易，与当时中国东南沿海地区也有来往。

1551年（天文20年），长久以来一直充做能岛村上家后盾的大内家当主大内义隆受到家中武功派重臣陶晴贤谋反杀害，翌年陶晴贤迎大内义隆的侄子、大友宗麟之弟晴英继承大内家，是为大内义长。1554年（天文23年），大内义长向室町幕府进贡米2000石，由陶晴贤麾下的屋代岛白井水军经海路上洛，途中通过能岛村上家的势力范围时，屋代岛水军不但无视武吉设立的关卡拒缴帆别钱，更欲强行以武力突破。收到讯息的武吉大怒，火速点兵出战，在其必经之路蒲刈伏击，激战之中屋代岛水军惨败，船上欲进献幕府的2000石大米悉数被武吉没收，双方关系从此恶化。

严岛之役显锋芒

1555年（天文24年），安艺的毛利元就与陶晴贤全面对决，在严岛筑宫之城引诱陶晴贤率大军来攻，水军实力远不如控有屋代岛水军的陶晴贤的毛利元就便急速向三岛村上水军求援，当时因岛村上家的村上吉充很早便已答应协助毛利元就，派遣了家臣末长景通参战助阵，并遣使家臣，武吉姻亲乃美宗胜替毛利家游说村上武吉，武吉性格一向沉着冷静，听完了乃美宗胜来意，也不表示可否，只说要看来岛村上氏的意向再做决定。

那时毛利和陶双方都来向来岛村上家当主通康请援，两者相比虽然陶晴贤的实力比较雄厚，但是因为通康的主家河野氏与大内氏乃是宿敌，所以表示要支持毛利家，因而通康也同意支持毛利，既然三岛村上家已有两家投向毛利家，武吉便也同意出兵了，但是只答应援助毛利元就一天，到期就会自己撤军。同年十月一日，毛利军与陶晴贤军在严岛爆发大战，也就是历史上著名的“严岛合战”。仅有三千五百人的毛利军在雨夜中对总兵力两万余人的陶晴贤军进行奇袭，其中武吉率领的三百船队特别骁勇将陶军的屋代岛水军击退立功。

严岛合战后，毛利元就和伊予河野氏正式结盟，将原来屋代岛水军白井氏的领地屋代岛给了来岛通康，而最早加盟毛利家的因岛村上吉充也得到了备后向岛，而战后同样帮助毛利家占领周防长门并封锁海路以擒抓大内义长的武吉只得到几个小岛，这使武吉对毛利家十分不满。

再降毛利氏

1567年（永禄10年），来岛通康过世，由四子通总继为第五代当主。1569年（永禄12年），就在毛利家与九州岛强豪大友宗麟在九州岛筑前一来一回地胶着战时，村上武吉与大友、三好加深关系。本来从属毛利家的武吉受大友宗麟以博德南蛮贸易的巨利引诱倒戈与毛利军为敌，将船队开往周防港口，使同来的来岛村上通总成为海上孤军陷入苦战，由此之后来岛村上家与能岛村上家彻底反目。

1571年（元龟2年），在毛利元就的遗命策划下由三子小早川隆景率因岛村上、来岛村上、小早川、儿玉、投降的屋代岛白井等诸路水军围剿武吉的本城能岛城，本来要覆灭已入愁城的村上武吉对小早川隆景来说是易如反掌，但小早川隆景因惜村上武吉的武勇舍弃了正面进攻，反而冒险单身上岛入城劝降，村上武吉毕竟是个铁铮铮的海上男儿，眼见小早川隆景仁勇的气概，武吉大为感动于是接受了小早川隆景的说服回归毛利家，从此忠心不二。

胜也木津川，败也木津川

这时，称霸畿内的织田信长已率军将摄津一向宗的本寺石山本愿寺包围数年。1576年（天正4年），已将近弹尽粮绝的本愿寺方向盟友毛利家求取大批军物资。于是毛利辉元便下令村上武吉由海路运送入本愿寺，能岛村上家本来就是热诚的一向宗徒，武吉不敢懈怠很快便组织八百艘船队出发，运送途中村上水军与织田家的九鬼水军、安宅水军于木津川口遭遇，村上水军倚仗本身精熟的操舵技术和焙烙火矢使用一沾即走的烧夷战术将织田水军打得七零八落，从此村上武吉就成了信长进攻本愿寺的头痛人物。

为了有效反制村上水军，织田信长采用双管齐下的方法，一方面离间已有心结的来岛村上家与能岛村上家，另一方面集中近江国友村的铁匠跟伊势熊野的船匠，由九鬼嘉隆与泷川一益领导开发新武器铁甲船。天正六年，村上武吉一如往日统领水军部队运送军物资进本愿寺，但就在木津川口武吉的水军遇上了织田家的六艘铁甲船，披上铁甲的战船使以往百战百胜的烧夷战术失去效用，同时船上负载的大炮与长洋枪也发挥威力痛击村上水军，武吉大败。

天正十年三月，在织田家部将羽柴秀吉的劝诱下来岛村上家当主村上通总反出毛利改投织田家，此事使毛利家陷入惊慌，毛利家在与因岛、能岛两村上家再度重申盟约后联合出兵声讨来岛村上家，于当年六月对来岛城发动总攻击，在武吉的善战下，来岛城失陷，村上通总匆忙逃往京都投向秀吉，之后秀吉让他改以居地为姓，易名来岛通总，落入毛利家掌握的来岛城则被赐为武吉的领地以为奖赏。

远征朝鲜

本能寺之变，信长横死后，羽柴秀吉接收了他遗留的霸业，夺取天下。当时秀吉与毛利家已不再敌对，在秀吉命令下武吉只好将方占领两年多的来岛还给来岛通总。

1588年（天正16年），羽柴秀吉颁布海贼禁止令，其中不准再收帆别钱的条文，严重打击了村上水军的经济利益，村上武吉因强烈反对这项律法而被秀吉下令自尽，最后是倚靠老上司小早川隆景在秀吉面前说情方免去一死，改为流放，从此之后武吉便隐居于长门大津，也就在这段时间里村上武吉撰写了《村上舟战要法》一书留传后世。

统一日本的秀吉的野心急速膨胀，以“假道入明”为由出兵朝鲜，往日的三岛村上水军皆被动员参战，村上武吉也带同儿子元吉一起随小早川隆景军出阵，但面临李舜臣的龟甲船，一切皆徒然，水军战线完全大败。

武吉之死

1598年（庆长3年），关原合战时村上水军与毛利水军皆从属于西军，并由武吉的嫡男元吉担任大将进攻四国伊予，挥军直扑加藤嘉明的居城，道上投降的当地领民纷纷大骂加藤嘉明的苛政，使元吉认为自己顺民心出战必然定胜，而小看了名列“贱岳七本枪”的加藤嘉明，战败被杀。

老来丧子使村上武吉悲痛不已，而主公毛利辉元也因与德川家康敌对被减封至只剩周防长门两国，年事已高的武吉还是跟随辉元去周防，居住于大岛和田，三年后过世，享年七十二岁，法名大仙寺殿觉甫元正居士，家督由村上元吉长子元武接任。