司马衷生于 曹魏甘露四年（259年）。 泰始三年（267年）正月丁卯日，司马衷被立为皇太子 ，时年九岁。 泰始八年（272年）二月辛卯日，司马衷奉晋武帝命娶 贾充的女儿 贾南风为 太子妃，贾南风当时十五岁，年长司马衷两岁。

太熙元年 （290年）四月二十日，晋武帝去世，皇太子司马衷即位，是为晋司马衷，大赦，改年号为 永熙。尊继母皇后 杨芷（杨艳的堂妹）为皇太后，立妃贾南风为皇后。同年五月十三日，葬晋武帝于峻阳陵（今 河南省 偃师南蔡庄北）。

五月十八日，增加天下官位一级，参与晋武帝丧事的增加二级，免除百姓租税一年，二千石以上的官员都封为关中侯。以 太尉 杨骏为太傅，辅佐朝政。八月二十六日，立子广陵王 司马遹为皇太子，以中书监 何劭为 太子太师，吏部尚书 王戎为 太子太傅，卫将军杨济为 太子太保。 派遣南中郎将 石崇、射声校尉 胡奕、长水校尉 赵俊、扬烈将军赵欢将屯兵四出。 后在291年正月改元为 永平。

晋司马衷当政后非常信任他的皇后 贾南风。因此贾氏专权，甚至假造晋司马衷的 诏书。永平元年（291年），迫害皇太后，废其太后位，杀大臣如太宰 司马亮。同年又杀皇太后于 金墉城。

元康四年（294年）和元康六年（296年） 匈奴和其他民族反叛 ，氐人齐万年称帝，一直到元康九年（299年）这次反叛才被消灭。 同年，贾南风开始迫害太子遹，首先废他的太子地位。 次年杀太子。 这个举动成为许多反对贾后专政的皇族开始行动的起点。赵王司马伦假造诏书废杀贾后，杀大臣如 司空 张华等，自领相国位，这是八王之乱的开始。恢复原太子的地位，立故太子之子司马臧为 皇太孙。

永康元年（300年）八月，淮南王司马允举兵讨伐司马伦，兵败被杀。同年十二月，益州刺史 赵廞协同从中原逃到四川的流民在成都造反。

永宁元年（301年），司马伦篡位，自立为皇帝，司马衷被改为 太上皇，太子司马臧被杀。 三月， 齐王司马冏起兵反 司马伦，受到成都王司马颖、 河间王司马颙、 常山王 司马乂等的支持。司马伦兵败。淮陵王 司马漼杀 司马伦的党羽，驱逐司马伦，引司马衷复位。司马伦被杀。五月，立 襄阳王司马尚为皇太孙，并以羊献容为皇后。六月，东莱王司马蕤谋推翻 司马冏的专权，事漏被废。十二月， 李特开始在四川反晋，这是 成汉的起点。

太安元年（302年），初皇太孙 司马尚夭折，司马覃被立为太子。五月，李特在四川击败了 司马颙派去讨伐他的军队，杀 广汉太守 张微，自立为 大将军。 十二月，司马颖、 司马颙、新野王司马歆和范阳王 司马虓在洛阳聚会反 司马冏的专政。司马乂乘机杀 司马冏，成为朝内的权臣。

太安二年（303年）三月，李特在攻成都时被杀，但四月他的儿子 李雄就占领了成都，到年末，李雄几乎占领了整个 四川盆地。五月 张昌、 丘沈反，建国汉，杀 司马歆。八月，司马颖和 司马颙讨伐司马乂。十月， 司马颙的军队攻入长安，在此后的洗劫中上万人死亡。此后两军在长安城外对阵，连十三岁的少年都被征军，同时两军都征募匈奴等的军队。最后司马乂兵败被杀。司马颙成为晋朝举足轻重的人物。

永安元年（304年），初司马衷感到受到 司马颙的威胁越来越大，因此下 密诏给刘沈和 皇甫重攻司马颙，但没有成功。 司马颙的军队在洛阳大肆抢劫。二月废皇后羊氏，废 皇太子司马覃，立司马颖为 皇太弟。司马颖和 司马颙专政。但六月京城又发生政变，司马颖被逐，羊氏复位为皇后，司马覃复位为太子。 七月，司马衷率军讨伐司马颖，在荡阴被司马颖的军队战败，司马衷面部中伤，身中三箭，被司马颖俘虏。羊氏和司马覃再次被废。八月，司马颖被 安北将军 王浚战败，他挟持司马衷逃亡到洛阳。一路上只有粗米为饭。十一月，司马衷又被 司马颙的将军 张方劫持到长安，张方的军队抢劫皇宫，将皇宫内的宝藏洗劫一空。到年末 司马颙再次在长安一揽大权， 司马越成为太傅。同年李雄在成都称 成都王，成汉建国， 刘渊自称汉王，建立 前赵。305年 司马颙和张方的军队、司马颖的军队、 司马越的军队和范阳王司马虓的军队在中原混战，基本上中央政府已经不存在，中国边缘的地区纷纷独立。到305年末， 司马越战胜， 司马颙杀张方向司马越请和，但无效。

光熙元年（306年），司马越手下的 鲜卑军队攻入长安，大肆抢劫，二万多人被杀。九月，司马颖被俘，后被杀。

在“ 八王之乱”中，被 赵王 司马伦篡夺了帝位。 光熙元年十一月十七日（307年1月8日）夜里，晋朝皇帝司马衷在长安显阳殿 驾崩，终年48岁，相传被东海王司马越毒杀，死后被安葬于太阳陵（今 河南 洛阳），他的弟弟 司马炽（284年－313年）即位，改元永嘉，即晋怀帝。

司马衷从小智商低下，司马炎对此很发愁，担心司马衷会丢了祖宗开创的家业。有一次，司马炎为了测验一下司马衷的思维能力，特意出了几道问题考他，并限他三天之内交卷。司马衷拿到题目以后，不懂作答。他的妻子贾南风是个很聪明的人，有见及此，便立刻请来几位有学问的老先生为司马衷解答难题。

司马炎看了答卷后，以为儿子的思维还是很清楚的，也就放心了。可是司马炎一死，司马衷即位，遇事要他自己定策，就闹出了不少笑话。

有一年夏天，司马衷与随从到华林园去玩。他们走到一个池塘边，听见里面传出咕咕的青蛙叫声。司马衷觉得很奇怪，于是便问随从这些咕呱乱叫的东西，是为官或是为私的？随从就说：“在官家里叫的，就是官家的；若在私家里叫的，就是私人的。”

晋惠帝执政时期，有一年发生饥荒，百姓没有粮食吃，只有挖草根，食观音土，许多百姓因此活活饿死。消息被迅速报到了皇宫中，晋惠帝坐在高高的皇座上听完了大臣的奏报后，大为不解。“善良”的晋惠帝很想为他的子民做点事情，经过冥思苦想后终于悟出了一个“解决方案”曰：“百姓无粟米充饥，何不食肉糜？”(百姓肚子饿没米饭吃，为什么不去吃肉粥呢？)

征伐皇太弟司马颖，是司马衷生命中最危险的一次血腥经历。荡阴之战中，由于溃败，司马衷的“乘舆委地”，他本人也身重三箭。在飞矢交前的情形下，“百僚奔散，唯侍中嵇绍扶帝”。敌将要杀嵇绍，司马衷阻拦说：“吾吏也，勿害之。”敌将说：“受太弟命，惟不犯陛下一人耳。”于是，司马衷只能眼睁睁地看着嵇绍被杀，血溅龙袍。在自身难保的形势下，司马衷还能想着保护属下，但由于自己的权威扫地而无能为力，对此他一直耿耿于怀。事后，敌将准备为司马衷换洗沾满鲜血的衣服时，司马衷说：“嵇侍中血，勿洗也。”意思是说，这上面是嵇绍的血，你们不能洗去。司马衷用这种方式，对敌将的残忍行径表示了抗议，对嵇绍的忠心赴死表露了哀思。

晋司马衷于267年被立为太子，他的母亲是 晋武帝的皇后杨艳。作为次子他被立为太子是因为他的哥哥 司马轨很早就死了，也有说是晋武帝为了将来传位给他宠爱的聪明孙子湣怀太子司马遹。晋司马衷一般被评价为“甚愚”或“ 白痴”，这个说法可能主要基于以下两个原因：

首先晋司马衷显然无法解决他统治时期的政治困难，造成了八王之乱，他本人成为他人的 傀儡，最后被 东海王司马越毒死。

其次晋武帝司马炎亲身经历了 曹魏的兴衰，因而对皇朝继承人的能力和成长非常关心，但在《 晋书》中记载武帝也多次对晋司马衷的能力表示怀疑并多次对他的能力进行考验，而司马衷则在太子妃贾南风及谋臣的献策下通过了这些考验。

不过，有研究认为，司马衷即使无法对付当时的政局，但从今天的医学概念来说他不能算作是一个白痴。虽然如此，值得注意的是在《晋书·司马衷》中对司马衷时期的大事虽然有很多报道，但对司马衷本人的言行、作为和决定却所言甚少。

张泓：“太子不学。”

《 晋书》史臣曰：“不才之子，则天称大，权非帝出，政迩宵人。褒姒共叔带并兴，襄后与犬戎俱运。昔者，丹朱不肖，赧王逃责，相彼凶德，事关休咎，方乎土梗，以坠其情。溽暑之气将阑，淫蛙之音罕记，乃彰蚩笑，用符颠陨。岂通才俊彦犹形于前代，增淫助虐独擅于当今者欤？物号忠良，于兹拔本，人称袄孽，自此疏源。长乐不祥，承华非命，生灵版荡，社稷丘墟。古者败国亡身，分镳共轸，不有乱常，则多庸暗。岂明神丧其精魄，武皇不知其子也！”

赞曰：“惠皇居尊，临朝听言。厥体斯昧，其情则昏。高台望子，长夜奚冤。金墉毁冕， 汤阴释胄，及尔皆亡，滔天来遘。”

胡三省：“孰谓帝为戆愚哉！”

王夫之：“惠帝之愚，古今无匹，国因以亡。”

父亲：晋武帝 司马炎

母亲：武元皇后 杨艳

毗陵悼王 司马轨，司马衷同母兄

秦献王 司马柬，司马衷同母弟

城阳怀王 司马景

城阳殇王 司马宪

楚隐王 司马玮

东海冲王 司马祗

始平哀王 司马裕

淮南忠壮王 司马允

新都怀王 司马该

清河康王 司马遐

长沙王 司马乂

汝阴哀王 司马谟

成都王 司马颖

吴孝王 司马晏

渤海殇王 司马恢

晋怀帝 司马炽

代哀王 司马演

平阳公主，司马衷同母妹

新丰公主，司马衷同母妹

阳平公主，司马衷同母妹

武安公主

万年公主

常山公主

繁昌公主

皇后 贾南风

皇后 羊献容

淑媛 谢玖

愍怀太子 司马遹，母谢玖

河东公主，母贾南风。嫁射声校尉 孙会

临海公主，初封 清河公主，母羊献容，嫁宗正曹统

始平公主，母贾南风

弘农郡公主司马宣华，母贾南风

哀献皇女司马女彦，母贾南风

《晋书 ·卷四 ·帝纪第四》

1990年歌仔戏《绿珠楼》：林坤饰演晋惠帝；

1999年电视剧《乱世妖后》：刘小保饰演晋惠帝；

1999年电视剧《人龙传说》：王伟饰演晋惠帝。