法兰西国王 路易十四认为，国内宗教不一致会危及国家的统一，决心将反对派教会加以取缔，于是重新发动对 詹森派的镇压。克雷芒九世担心使安定的局面遭到破坏，他不同意路易十四的这种政策，而主张安抚为主。1669年，克雷芒九世签订了协定（统称克雷芒和约），宣布停止对詹森派的迫害。后来，法兰西教会的高卢分子又要求限制教皇的权利，教皇语气冲突激化， 詹森主义问题降到次要地位。随着教皇与国王争端缓解后，后任教皇 克雷芒十一世在路易十四要求下，于1705年发布通谕，重申过去对詹森派的谴责。

其时，奥斯曼帝国军队发动对当时属于威尼斯共和国的克里特岛的攻击，克雷芒九世只得要求路易十四派兵援助，不但遭到路易十四的拒绝，他还从中作梗，使全欧洲联合对付土耳其人的计划无法实现，结果克里特岛长期被围，海港康迪亚（今伊利克利翁）1669年陷落。死后 克雷芒十世继承宗座。