1982年毕业于广西民族学院政治系。 1985年担任广西区民委办公室副主任，1991年调往广西民族研究所任所长。1997年晋升研究员职称。其主要社会兼职有《壮学丛书》副总主编兼学术委员会主任、国家哲学社会科学研究规划民族问题研究学科规划小组（学科评审组）成员、广西非物质文化遗产研究中心副主任、广西人文社会科学研究重点基地广西民族大学壮学研究中心副主任、广西非物质文化遗产研究中心副主任。第八、九届广西壮族自治区政协委员，广西区政协民族宗教委员会委员。中国民族学学会副会长、中国西南民族研究学会副会长、中国百越民族史研究会副理事长、广西民族研究学会会长、广西历史学会副会长。1998年获广西壮族自治区有突出贡献科技人员称号，2004年起享受国务院政府特殊津贴，2005年获记广西新闻出版系统个人二等功。此外，还曾长期担任广西师范大学、广西民族大学和桂林理工大学的兼职教授和硕士生导师。

2010年9月27日病逝于 南宁。

覃乃昌研究员生前著述丰富，在民族理论、壮族稻作农业史、壮族经济史以及民族文化等方面取得了突出的研究成果。他出版个人专著2部，合著15部，主编和编著成果6部，发表论文80多篇。合著《民族自治权论》获广西哲学社会科学研究优秀成果二等奖；独著《壮族稻作农业史》获广西哲学社会科学研究优秀成果二等奖；合著《壮族通史》获广西哲学社会科学研究优秀成果一等奖；合著《壮泰传统文化比较研究》获广西哲学社会科学研究优秀成果一等奖；独著《广西民族区域自治研究》获广西第十届哲学社会科学研究优秀成果二等奖。独撰《关于建设百色民族工业城的构想》获国家民委民族政策研究优秀成果一等奖。即使在患病期间，他还坚持研究，完成了长达60多万字的《壮族经济史》一书。

覃乃昌研究员还长期担任《广西民族研究》主编一职，大力提携中青年作者，为推动广西民族研究事业做出了突出贡献。