之后若狭武田氏在应仁之乱中从属于东军在对丹后的侵攻中十分活跃，获得 幕府厚信并热心于文化一度威振丹后、若狭两国，但是在祖父信丰的时代，先是有丹后的海贼入侵，同时在 河内、丹波与三好家的争斗中区居下风，后来又出现祖父信丰与父亲义统父子争位的纷乱，促使家臣团分裂，因而在义统继为当主后，于永禄四年家中有力国人众国吉城主栗屋胜久及碎导山城主逸见昌经掀起叛乱，虽然最后若狭武田氏藉着盟友越前朝仓家的兵力勉强压下，但昔日的威名已一去难返。

然而在武田元明日益成年后，与父亲义统也产生了强烈的争端，而且叔父信方也武田家内乱中以远敷郡为据点扩张势力，武田元明与盟国越前朝仓家联合，父亲义统则联合了重臣逸见氏、栗屋氏。永禄九年，武田元明迎娶近江名家京极高吉的次女龙子为妻，同年武田元明的舅父 足利义昭往依若狭武田氏希冀其帮助 幕府复兴，但是眼见若狭武田氏君臣不睦、父子相争的情况义昭一行人很快便放弃对若狭武田氏的指望，改道投靠了越前朝仓家。

力以大岛丸山城为本据自立。

由于此役朝仓家所高举的是大义名分是“保护”武田元明，因此在攻下若狭后武田元明夫妻及一子一女也被妥善保护送往朝仓家本城 一乘谷城，同时未顺从朝仓家的武 田家家臣则纷纷投向新近 上洛的织田家，若狭完全沦为越前朝仓家的属国。元龟元年， 织田信长正式和越前朝仓家征战，武田元明也趁此时派遣侍臣与旧臣协商，意图假借织田信长之力脱出越前，以栗屋胜久、逸见昌经为首的若狭众加入了织田信长的若狭平定军。天正元年八月，织田军攻入越前， 朝仓义景灭亡，武田元明遂得到回到若狭的机会蛰居于神宫寺，然而旧日的领地已全被 信长划归其重臣 丹羽长秀。

武田元明随同昔日的家臣若狭众投入了织 田家，于天正三年在栗屋胜久和逸见昌经的陪同下上京晋见 信长，在这场会面中 织田信长意思性地给了武田元明三千石的领地，和旧日家臣同样列为 丹羽长秀的属下。但是这并不代表织 田家对元明的重视，只是如同羽柴秀吉起用京极家、 信长以三子信孝继承神户家一般，用于安抚久为名门武田家臣属的若狭领民，武田元明不过是被 织田信长、 丹羽长秀当作是招牌来使用的傀儡。

天正九年，信长发起了由 正亲町天皇观阅下的大军事演习中，并钦点 丹羽长秀担任一番手，丹羽长秀也统领以往昔名门出身的武田元明连同本为其麾下家臣的内藤、 熊谷、栗屋、逸见、山县等若狭众并列前进，这对出身 高第的元明来说，无疑是一种严重的尊严伤害，加上在织田家中长年遭到的压抑使武田元明对丹羽长秀多有不满。

天正十年， 丹羽长秀受命出征四国，武田元明负责留守，同年六月 明智光秀发动叛乱， 织田信长于 本能寺之变中故世，留守若狭的武田元明意图恢复旧领遂响应明智光秀的号召，并且加入明智军参与了对丹羽长秀居城佐和山城的攻击，但是武田元明复兴本家的意图很快便随羽柴秀吉的反攻破碎，在明智光秀于山崎之战中阵亡后，丹羽长秀即在六月十六日亲率大军攻打佐和山城驱逐了武田元明的部队，同年七月十九日武田元明在丹羽长秀的追击下于近江海津法云寺自害，葬于海津宝幢院，享年四十岁，法名法云寺殿文甫绍昌。

在武田元明死后，其妻 京极龙子被秀吉纳为侧室，称松丸殿。留下的二子一女中女儿早夭，两个儿子被过继为秀吉妻兄木下家定的养子，长子木下胜俊于文禄三年领有若狭小滨八万石，之后胜俊成为著名歌人“长啸子”，二男利房领若狭高滨三万石在关原合战时因从属于西军，战后失去领地，后于元和元年 大阪夏之阵中从属于 德川方，所以战后获得了备中足守二万五千石的领地，利房的子孙皆为足守籓籓主。

翌永禄十年，元明之父武田义统辞世，继承了 家督之位的武田元明这才知道当家的困难，在《朝仓文书》中与朝仓家来往的书信里表示“断绝眼前”深深传达了对家中纷乱的无力感。然而回应着元明之无奈的，却是永禄十一年越前 朝仓义景的攻略。是年八月，越前朝仓家以对义统的盟约要展开对“元明的保护”为名义出兵若狭，其并吞若狭之心昭然若揭，由于无法团结家臣抗敌，朝仓军轻而易举地直逼武田元明的居馆，为此元明求得丹后一色家的援兵以誓愿寺一带为防御线抗战，但是在朝仓家的大举进犯下这无济于事的抵挡遭到摧毁，居馆转眼被攻克，武田元明转而投向后濑山城再度组织防卫战，但仍不果而被朝仓军生擒。同时家臣栗屋胜久倚国吉城力抗朝仓军、而逸见昌经亦结合了西若狭的水军势

观武田元明一生，足可以“志大才疏”形容，但其生涯也是可悲，武田元明作为若狭武田氏的末代当主，祖父、父亲留下了千疮百孔的家业，继位之后内有重臣不安于室、外有强敌虎视眈眈，使他真正在若狭当家作主的日子居然连三年都不到，甫继位便遭到朝仓家攻打，后半生就先后在朝仓、织田两家强豪的的摆弄中渡过，高傲的家世让他备受软禁，连模仿一般小豪族当个墙头草也没机会；也使他倾向支持维护旧秩序、拥有高度文化内涵的 明智光秀而在 信长死后的大乱中站错位置遭到淘汰，其祸虽是自取，但也是人之不运。