1972年从部队转到南开大学日语专业学习；

1975年，进入国家体委工作，曾被派往日本大阪外语大学深造。

1999年至2011年8月任国家体育总局副局长；

1995－1999年任内蒙古自治区主席助理；

1993年调往国家体委，先后任国际司副司长、办公厅主任；

1991－1993年任中国体育发展公司总经理；

1999年4月，任国家体育总局副局长。

2000年，以中国奥委会副主席身份当选国际奥委会委员，

2002年，任中国国家奥委会副主席，国际关系委员会；

2004年，任国际奥委会执行委员会委员。

2007年12月，任中国篮协第八届委员会主席；

2000年9月，以国家奥委会领导人的身份当选国际奥委会委员；

2008年8月，任国际奥委会副主席，这是继何振梁之后第二位担任国际奥委会副主席的中国人；

2012年伦敦奥运会协调委员会委员，中华全国体育总会副主席，中国奥委会副主席，中国赛艇协会主席，中国体育舞蹈协会主席，第29届奥林匹克运动会组织委员会执行副主席；

2016年9月，任北京2022年冬奥会和冬残奥会组织委员会副主席。

2018年2月7日，国际奥委会举行会议，于再清再次当选国际奥委会副主席。

2011年9月15日，被免去国家体育总局副局长职务。

2016年9月，国务院任命于再清为北京2022年冬奥会和冬残奥会组织委员会副主席。

2018年2月7日，在韩国平昌召开的国际奥委会第132次全会上，于再清再次当选国际奥委会副主席。