清朝中期，清王朝从强盛走向衰落，西北地方贫瘠，靠天吃饭，且时有灾欠发生。加之地方贪官污吏扰累百姓，地方官吏歉薄而不加赈恤，最终激变事端。西北回民利用宗教纷纷举事反清。1784年（乾隆四十九 年），回族、撒拉族教民在甘肃伏羌县等处聚众造反，形成以石峰堡为中心的反清大军。回军横行千余里，攻城略地，抢掠村庄1200余处，处杀害官兵百姓，伤毙人口2000多人。一时西北动动摇，朝廷震惊。陕甘总督李侍尧弹压无力被撤职查办，新任陕甘总督福康安率兵镇压。

1784年7月2日 ，阿拉善蒙古所部向习骑射，较宁夏兵倍为得力，传谕旺沁班巴尔即赴游牧处所，在 所属额鲁特兵丁内挑选1000名，亲自带领前往进剿。7月22日，阿拉善和硕亲王旺沁班巴尔率蒙古兵丁到达甘肃前线。8月2日，清廷赏给军费白银1000两。8月11日，清军兵分四路从隆德进军，旺沁班巴尔率阿拉善兵和宁夏满兵2000人，立挫敌锋，举事回军退守石峰堡。川、藏各路清兵陆续到达，修筑栅栏，断其水源，围困聚歼。初战告捷，旺沁班巴尔及阿拉善官兵受到封赏：乾隆钦赐阿王御用大荷包一对、小荷包两对；阿拉善公爷乌尔图纳逊、佐领钟呢，在进剿底店战役中作战勇猛，赏给顶戴花翎；阿拉善三等台吉班第海作战途中病故，晋级二等台吉，爵位由其子承袭，并赏 白银200两。阿拉善亲王旺沁班巴尔承袭父爵后，率兵奋战，指挥有方，8月正式就任宁夏副都统。

不久，清军攻陷石峰堡，残酷镇压了这次反清事变。此次战事中，清军总共正法和作战杀死回军8000余人，维护了地方治安，暂时结束了甘省的动乱局面。阿拉善亲王旺沁班巴尔督帅宁夏满兵和阿拉善官兵作战有功，忠勇可嘉；论功行赏，清王之爵已无可加封，御赐一公爵职位，1788年1月18日，宁夏将军积福年老衰迈，阿拉善亲王晋升为宁夏将军，并监管额济纳旗务，成为阿拉善历代札萨克中军职最高的王爷。

总是以阿拉善旗的政治经济利益为重，不计较个人得失，结果在个人政治前途方面遭受挫折。1791年1月，清廷以旺沁班巴儿凡事不遵清制，任意违例的罪名，撤销其宁夏将军职务，退出御前，在乾清门效力行走。乾隆皇帝在上谕中给阿拉善亲王罗列了三大罪名：一是利用宁夏将军职务之便，在甘肃民人和阿拉善蒙古边界纠纷中庇护下属，欺压平民，争占地界；二是在护送前妻格格灵柩时，与地方护送官员意见不和，进而骚扰驿站；三是不遵守满蒙和亲制度，将其胞妹聘给鲁姓土司为妻，实际上阿拉善王室宗亲与青海藏族杨土司世代联姻。

在清代，按《理藩院则例》规定，阿拉善为外萨克旗。旗佐只制度具有军事性质，其兵源以阿拉善和硕特兵丁为基础。清政府赋予札萨克统帅全旗兵丁的权限，为最高军事长官。阿拉善亲王平时定期三年召集全旗兵丁接受上级检阅，战时动员带领兵丁参战。实行遣二留一，每苏木100人、50人留守。旗下设8个苏木（佐），按诺颜和哈屯分为东西两翼，分设参领管理。苏木管理军事行政事宜，每佐定额兵员150人，50人服现役，100人为预备役，定期轮换，常年有400人服役。佐领下设骁骑校、领催和什长，管理户籍、征兵、征税、差役、乌拉等事务。全旗 在册箭丁1200人，战时参战，闲时从事畜牧生产，维持社会治安。是一种松散的军事组织。

1791年，阿拉善亲王旺沁班巴尔为巩固统治地位，随时效忠清廷皇室，在盐税收入大增的情况下，增加军费开支，大力整顿全旗军事组织，扩建阿拉善亲王兵马队，统一服装，加强操练，使地方武装进一步正规化。阿拉善亲王兵马队总兵力在2000人以上，在定远营设总兵营，负责城防，维持镇区治安，大部分兵员驻守在全旗各防卡上，负保卫全旗之责。

在清代，阿拉善盐湖为王府的产业，乾隆后期至嘉庆年间，盐的运销实行商引专卖制度。1786年，全国各地销盐已无成法，阿拉善亲王旺沁班巴尔以吉盐陆运不便为由，为增加王府收入，向清廷奏请水运，部批水运碛口为止，限定了销区。同年，清朝推行盐课（税）归地丁制度，民众自运蒙盐概不禁阻，食盐专卖制一度废止，蒙盐行销遂无限制。1791年，清廷准许阿拉善旗每年修造盐船500艘，每船载盐40石，每年运量在2万石以上，阿拉善亲王每年收入银两8000两。

嘉庆初年，甘肃回民马君选承包吉盐采挖运销事宜，吉盐年销量增至2.8---3.1万石，旺沁班巴尔亲王年收入池租1—2万两。吉盐乘黄河水利之便，运销成本降低，销量大增，南下侵占河东引岸和淮河沿岸，引起清廷的不满。1800年（嘉庆五年），清廷采取限销措施，派员驻缉，严加巡查，防止倾销。在旺沁班巴尔去世后的第二年，吉兰泰盐池收归国有，水运遂止。

旺沁班巴尔青年时代承袭王爵，素有大志，多建军功，曾变革图新，改革军队，是一个有所作为的王爷。其为人耿直，爱憎分明，因而政敌过多，在仕途方面不尽如意。但是，他是一位极具经济头脑的人物，在他执掌旗政期间，阿拉善旗进入盐业发展的黄金时期，全旗每年平均收入池租15000两白银，20年累计收入白银30万两以上。这一时期，阿拉善旗王府库银充实，百姓安居乐业。