他的父亲纽斯特里亚国王希尔佩里克一世在公元584年死了，当时克洛泰尔二世尚在怀中未出世。他的母亲摄政直到公元597年死去。当时13岁的克洛泰尔二世开始亲政，身为国王，他继续了与母亲的仇人奥斯特拉女王的敌对。

在公元599年，他与他的侄子勃艮第的提奥多里克二世和奥斯特拉的提奥德贝尔特二世之间爆发了战争，他的侄子在蒙特罗附近击败了他。然而，两兄弟并没有穷追猛打，反而相互间拿起武器对抗爆发战争，给了克洛泰尔二世喘息的机会。在605年，克洛泰尔二世找到机会入侵提奥多里克二世的国度，但是并没有完全征服它。他与提奥多里克二世的战争直到后者在613年底死于梅斯。接着当时的奥斯特拉宫相，勃艮第宫相都放弃了抵抗向克洛泰尔二世投降。唯一的抵抗者西热贝尔二世在埃纳省会见了克洛泰尔二世的军队，并最后和其他贵族在纳沙泰尔湖向克洛泰尔二世投降订约。在这年，克洛泰尔二世成功获取了勃艮第，奥斯特拉的王位。这是在公元561年他的祖父克洛泰尔一世死后，整个法兰克王国的又一次统一。同时，他残忍的将他母亲的仇人奥斯特拉女王吊着曝晒了三天，再用马车活活拖死。

在614和615年，克洛泰尔二世颁布了巴黎法令，法兰克人的新法律让法兰克贵族保留了许多权利，取消了所有犹太人的官方职位。法令有效地让所有在教会置于墨洛温王朝君主的控制下，让贵族更加忠心。公元617年克洛泰尔二世在马恩河畔建立宫殿，安置了大量各地贵族。这些行动使克洛泰尔二世在他统治时期制定的法律执行力大大加强，王权得以巩固。

公元623年，他封幼子达戈贝尔特一世为奥斯特拉王国国王，这一政治行动得到了奥斯特拉和梅斯的贵族.主教的支持。奥斯特拉王国也开始了半自治。公元629年克洛泰尔二世去死，他共在位45年，长于任何其他的墨洛温王朝君主。同时因为他的死去墨洛温王朝实力也迅速回落。