1945年，在广岛高等师范附中（现广岛大学附属中学·高中）就读时，遭遇核爆辐射雨侵袭。之后先后在岩国中学、第五高等学校就读，1953年毕业于名古屋大学理学部生物学专业。师从发育生物学教授上田常雄进行有关形成体（organizer）的研究。

1960年，前往华盛顿大学求学，师从Strominger、Arthur Kornberg等学者。之后在斯坦福大学求学，并于1963年回日本，担任名古屋大学理学部化学教授铃木旺的助理教授。

1966年，他发现了DNA合成中后随链上形成的短片段——冈崎片段（okazaki fragment），并且在Proc. Natl Acad. Sci USA（美国科学院院刊PNAS）以及冷泉港（Cold Spring Harbour）实验室的研讨会上发表。1967年在分子生物学研究机构担任教授。1972年，他进一步发现了与冈崎片段相关的RNA，成功构建起DNA半不连续复制模型。

1975年，由于早年在广岛核爆中遭遇核辐射引起的骨髓性白血病发作，44岁的冈崎令治在前往美国旅游期间病逝。在此之后，他的夫人，同时也是名古屋大学教授，冈崎恒子将他的研究继续了下去。

「何が「essential」か，そして「essential」なことを解析するためにはどのような决定的実験をやるべきか。」