在从事教学的30年中，直接指导的博士、硕士研究生40余人（在校生，不含法硕），参加校内外博士、硕士学位论文答辩200余人次，评阅各校博士、硕士学位论文200余篇，为国家“哲学社会科学”的项目申请材料和建立硕士、博士点的申请材料提供专家鉴定意见十余项。先后出版专著5部，其中独著《政纪案件查处概论》、《刑事立案论》、《刑事诉讼法与律师制度热点问题研究》；主著《刑事司法创新论》、《刑事诉讼改革之多维视角》。合著2部，《正当防卫理论与实践》、《刑事证据种类与分类理论与实务》。参著的《犯罪构成论》获光明日报颁发的“光明杯优秀哲学社会科学著作”三等奖；《刑事诉讼法修改建议稿与论证》获“北京市第四届哲学社会科学优秀成果”特等奖、“教育部普通高等教育第二届人文社会科学研究成果”法学一等奖。主编《刑事诉讼法教程》、《刑事诉讼法学》、《刑事诉讼简明教程》、《刑事诉讼法学教学大纲》、《刑事诉讼法学教学案例》等多部教材。先后在《中国法学》、《法学研究》、《政法论坛》、《现代法学》、《法律科学》、《法学》、《比较法研究》、《法学评论》、《法商研究》等20多种法学期刊上发表论文100多篇，其中《刑事审判方式改革与案件教材移送》一文获司法部“九五”期间优秀科研成果二等奖。刘教授担任法庭审判长的《公诉案件一审模拟法庭教学录像》项目获司法部第一届教学成果一等奖。

1.《刑事诉讼法与律师制度热点问题研究》，黑龙江人民出版社，2000年5月出版；

2.《刑事诉讼程序改革之多维视角》，中国人民公安大学出版社，2006年10月出版；

3.《刑事司法创新论》，北京大学出版社，2006年3月出版。

1.《刑事诉讼法教程》，副主编，中国城市出版社；

2.《刑事诉讼法学》，主编，中国政法大学出版社，2000年11月出版；

3.《刑事诉讼法教学案例》，副主编，法律出版社。

（一）1996-1999

1.《关于辩护律师提前介入诉讼的几个问题》，政法论坛，1996年第1期；

2.《刑事审判方式改革与案卷材料的移送》，中国法学，1997年第3期；

3.《关于公诉案件被害人权利保障问题》，法学研究，1997年第19卷第2期；

4.《对中外形是简易程序中几个问题之比较研究》，政法论坛，1998年第6期；

5.《单位犯罪被追诉者之确定，法学研究》，1999年第21卷第6期；

（二）2000

1.《在我国确定沉默权原则几个问题之研讨（上）》，中国法学，2000年第2期；

2.《在我国确定沉默权原则几个问题之研讨（下）》，中国法学，2000年第3期；

3.《电子邮件应作为刑事证据》，人民检查，2000年第8期；

4.《对翻供问题的探讨》，法学，2000年第7期；

5.《确定沉默权之研讨》，法学论坛，2000年第6期；

6.《沉默权与用高科技手段取证》，高等学校文科学报文摘，2000年第17卷第6期；

7.《沉默权与严禁刑讯逼供》，法律科学，2000年第4期；

8.《沉默权与坦白从宽、抗拒从严》，中央政法管理干部学院学报，2000年第4期；

9.《确立中国式辩诉交易程序之研讨》，政法论坛，2000年第4期；

10. 《沉默权与如实回答》，法商研究，2000年第17卷第5期；

11. 《沉默权与用高科技手段取证》，现代法学，2000年第4期；

（三）2001

1.《法律援助制度的几个问题》，政法论坛，2001年第1期；

2.《论侦查终结的条件》，法学论坛，2001年第3期；

3.《辩护律师收费改革与风险办案》，中国律师，2001年第6期；

4.《律师个体执业是否可行》，中国律师，2001年第11期；

5.《Several Issues on the Right if Silence in China》, CHINALEGAL SCIENCE, 2001；

6.《“坦白从宽、抗拒从严”应当坚持》，河南公安高等专科学校学报，2001年第1期；

（四）2002

1.《确立中国式辩诉交易程序之我见》，政法论坛，2002年第6期；

2.《单位犯罪被追诉者确定（日文）》，第一作者，札幌学院法学，2002年3月第18卷第2号；

（五）2003

1.《提起公诉的证据标准探讨》，现代法学，2002年第2期；

2.《我国法律援助之价值及其实现》，法学杂志，2003年第6期；

3.《中国式辩诉交易程序之确立》，2003年第1期；

4.《逮捕的实质性条件新探》，法学，2003年，总第262期；

5.《取保候审保证金利息之处分》，人民检查，2003年第8期；

（六）2004

1.《法国民事原告人制度评价与借鉴》，诉讼法学，司法制度2004年第9期；

2.《俄罗斯联邦检查权的改革及借鉴》，华东政法学院学报，2004年第4期；

3.《法国民事原告人制度评价与借鉴》，比较法研究，2004年第3期；

4.《法治视野下的羁押制度》，政法论坛，2004年第4期；

5.《民事行政公诉基本原则之探讨》，国家检察官学院学报，2004年第2期；

（七）2005

1.《从普通程序简化审看我国刑事速决程序的建构》，诉讼法学，司法制度2002年第8期；

2.《侦查权司法控制的理论基础》，湖北警官学院学报，200年第2期；

3.《我国刑事审级制度的重新构建》，法学论坛，2005年第20卷；

4.《刑事缺席审判制度之考察》，山东警察学院学报，2005年第6期；

5.《我国构建刑事诉讼合议制度之探讨》，上海政法学院学报，2005年第6期；

6.《从普通程序简化审看我国刑事速决程序的建构》，法学评论，2005年第3期；

7.《死刑复核程序的正当性及程序完善构想》，政法论丛，2005年第4期；

8.《构建缺席审判外逃贪官制度探析》，人民检查，2005年第16期；

（八）2006

1.《借鉴与平衡，刑事诉讼与证据运用》，2006年3月第2卷；

2.《恢复“卷宗移送主义”是一种倒退》，检察日报，2006年2月16日

3.《刑事诉讼司法审查制度的内外机制条件探析》，政法论丛，2006年第1期；

4.《审判委员会改革与合议庭权限》，国家检察官学院学报，2006年第1期；

5.《刑事证据法伦理观的几个问题》，湘潭大学学报，2006年第6期；

(九) 2008

1、《刑事和解模式及相关问题研究》，政法论丛，2008年第5期；

2、《论刑事二审程序的审理范围》，时代法学，2008年第6期；

3、《测谎结论的价值及其法律地位》，江苏警官学院学报，2008年7月；

4、《确认犯罪嫌疑人之起始时界-破案》，检察日报，2008年8月1日第三版；

（十）2009

1、《刑事立案监督范围的扩展与触角的延伸》，检察日报，2009年4月27日第三版；

2、《逮捕之正当性研究》，河南政法管理干部学院学报，2009年第2期；

3、《测谎结论应用制度之设计》，山东警察学院学报，2009年第1期；

4、《论我国刑事自认制度的构建》，浙工大法律评论，2009年第四卷；

5、《刑事简易程序比较研究》，比较法研究，2009年第5期第65-75页；

6、《刑事和解之等腰三角形互嵌模式及运行机理》，检察日报，2009年6月22日第3版共7500字；

7、《减假保全程同步监督之正当性》，检察日报，2009年8月10日第3版共6500字。

刑事司法创新论(诉讼与仲裁论丛)/刘根菊等著,2006-3-1版

刑事诉讼程序改革之多维视角/刘根菊等,2006-10-1版

刑事诉讼法学参考资料汇编(上中下)(2世纪法学系列教材参考资料)/武延平 刘根菊,2005-10-1版

刑事诉讼法教学案例--法学教学案例丛书/刘根菊,1999-8-1版

2000年律考名师点破..启迪..精英2000..新大纲..多维/周国均 刘根菊,2000-5-1版

2000年律考名师点破..强力..决战胜2000..活页..自测/周国均 刘根菊,2000-4-1版

2000年律考名师点破..超前快训套餐1800题..创新类型./周国均 刘根菊,2000-4-1版

我国简易程序改革的几点设想 /张洪茂,丁珂,