1934年5月9日生于日属朝鲜京城府恩平区（一说为京畿道高阳郡）。京畿高中毕业，在汉城大学法律系毕业之后，留学美国埃默里大学哲学系，毕业后在耶鲁大学政治学研究生院攻读究生，毕业后获得政治学硕士、博士学位。随后于1963~1968年在美国埃默里大学任教。1969年回国，1969~1980年任汉城大学社会科学学院政治系助理教授、副教授。1979年任汉城大学社会科学研究所所长。1980~1988年任汉城大学教授。

1983年任共产圈研究协议会会长。1986年任韩国政治学会会长。1988年2月~1990年任国土统一院长官。1990年任总统政治事务特别助理。1991~1993年任韩国驻英国大使。1993年任民主和平统一咨询会议首席副议长。1994年任副总理兼统一院长官。同年12月被金泳三总统任命为国务总理。1995年12月离职。

1996年李洪九作为当时的执政党新韩国党成员当选为第十五届国会议员（全国区）。1996~1997任新韩国党代表委员，成为前总统金泳三的接班人之一，但在同年12月因劳动法改正案强行裁决遭到国民反对而辞去新韩国党代表一职。1998年3月24日任韩国驻美国大使。曾获耶鲁大学政治学博士、美国埃默里大学名誉文学博士、英国谢菲尔德大学名誉文学博士学位。

著作有《政治学概论》、《马克思主义百年》等，收录于《李洪九文集》中。