2003年11月30日，孔令文与小林清芽在东京举行结婚仪式。

谈起和小林清芽的相识，孔令文说，他和朋友们一起喝酒时，他一个朋友和小林觉很熟，提到了小林觉，他这个朋友后来就介绍孔令文和小林觉认识了，认识小林觉后，孔令文就见到了小林清芽，小林清芽虽说是小林觉的女儿，但那时才刚开始学围棋。

小林觉和她的姐姐小林千寿一起在东京八重洲开办了一个围棋教室，孔令文也经常到那里研究、教棋，和小林清芽的接触时间长了，了解多了，双方自然就发生了关系。

被问到对父亲聂卫平先生的评价时，孔令文表示：“心目中的我父亲？这个问题的确有很多人问过。其实最简单地答是，因为我自己也是个棋手，所以要说我心目中的他，应该是对他的一种尊敬。当年他打擂台赛的时候，我不懂棋，但是也有印象，我理解父亲的那种超越一般人的爱国心和为国争光的动力，以及他所付出的努力。”

“其实关于我的成长，说实话，我更想谈我的母亲。我有一个伟大的母亲。我现在能做这些中日交流，或说能够作为做一个棋手去下棋，都源于我的母亲，她让我可以幸福地成长。如果当初我一直生活得很艰苦，有可能我对我父亲的情感就不光是埋怨了，对他更加不好的感觉都可能会有。我现在跟父亲也算是父子吧，但这句话说得挺怪异。虽然，也可以同样父子的感情来交往或接触。他2013年病了以后，的确也让我很担心。”

“虽然不能说是被逼到日本。但是，那时候有条件或能力跟围棋有联系的，也只有日本。要不然我母亲什么特长都没有。或者说，这也是一种缘分。我去了日本，在那边长大。以至现在才能够做中日交流，我希望自己在这方面能做出更多的贡献。这是我一个很坚定的目标。而对于此，我相信我的父母都会支持。”