执教斯图加特

2013年8月托马斯·施耐德成为布鲁诺·拉巴迪亚的继任者，执教斯图加特一线队。当时球队遭遇德甲开局三连败，其间还在欧联杯资格赛中1-2不敌克罗地亚球队里耶卡，仅在此前与普罗夫迪夫博特夫战成1-1并以一个客场进球的优势淘汰对手。施耐德在1-2不敌奥格斯堡的比赛后接手，尽管他带队在主场2-2战平克罗地亚人，未能逆转对手，但6-2大胜霍芬海姆还是给他的德甲执教生涯开了个好头。接下来球队六战不败，斯图加特似乎做了一个明智的决定。但11月初1-6惨败给多特蒙德则开始了球队长达4个月的滑坡，直至2014年3月施耐德下课。俱乐部主席贝恩德-瓦勒尔称“球队如今的竞技状态使得俱乐部不得不做出这一重大决定”以及“施耐德可以继续为俱乐部工作”。体育经理弗雷迪-博比奇则补充说，“做出一个令人心碎的决定，这并不容易”。

德国国家队助教

2014年9月，托马斯·施奈德与德国足协签约到2016年，担任德国国家队助理教练，辅佐主帅勒夫。

2018年5月15日，德国足协官方宣布和托马斯·施奈德续约至2022年世界杯结束。