王亚楠从小就爱看小说，18岁的时候在《青岛日报》上发表了自己的小说处女作。后在济南的部队当了两年文艺兵。1993年，考入上海戏剧学院表演系 。

1996年，参演首部电影《谈情说爱》夺得大学生电影节艺术特别奖；

1997年，与伊能静主演电影《我血我情》，提名百花奖最佳男演员 。

1998年凭借《上海纪事》再次获得金鸡奖最佳男主角提名 。

1999年，与韩国演员金喜善拍摄过电影版《飞天舞》。

2000年之后，王亚楠开始接拍电视剧。

2002年领衔主演吴子牛导演的古装电视剧《天下粮仓》，饰演米河 。

2004年，参演中韩合资电视剧《飞天舞》，饰演因爱成恨、因大义而为朋友牺牲的贵族子弟南宫俊光，凭《飞天舞》角逐艾美奖，是首位角逐艾美奖的中国男演员，并参加2005年的戛纳电视节 。

2005年，主演连奕名执导的电视剧《野火春风斗古城》，出演男一号“杨晓冬”  。

2007年，与盖丽丽主演电视剧《杀出绝地》，饰演男一号李铁杆  。

2010年，主演的新四军抗日题材电视剧《激战江南》播出，饰演新四军情报科长秦天刚 ；同年，在电影《辛亥革命》中出演袁定克一角。

2012年，主演电视剧《特务生涯》  。

2013年12月，在高希希执导的史诗电视剧《毛泽东》中饰演叶挺  。

2014年，参演《我爱男闺蜜》饰演吴建瓴 。

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王亚楠是一个很好的演员，很聪明，有时候还有些神经质（吴子牛评） 。

王亚楠在《野火春风斗古城》中饰演的杨晓冬在性格上很复杂，面对困难时沉着、冷静，指挥行动时果敢、机智，把面对亲人时的温情以及大无畏的牺牲精神展现得淋漓尽致（京华时评报）。