至咸丰三年（公元1853年），一家搬迁至江苏泰州居住，开始自制膏药为人治病。由于吴氏之外治法具有较好的疗效，故而受到当地广大患者的欢迎。吴氏不仅医术高超，而且医德高尚。他强调，医者应尽其心。对于各类患者，不论是贫苦之人，还是富贵之家，应当一视同仁。对于自制之膏药，虽无人所见，亦应当如实配伍，不可自失其真而掺有假品，更不可乘人之危，挟货居奇，贻误病机。对于贫苦之人，更应当十分同情，尽力周济， 如此等等。著有《 理瀹骈文》。

吴师机在前人经验的启示下，通过大量的临床实践验证，积累了丰富的个人经验，充分肯定了外治法的可靠疗效。他不仅运用膏药以外治，还运用敷、熨、熏、浸洗、擦、坐、嚏、缚、刮痧、火罐、推拿、按摩等—二十种方法，可以说是对中医外治的一次总结。吴师机通过外治法的应用，提出“外治之理，即内治之理。外治之药，亦内治之药，所异者法耳。”意即中医治病，要掌握病因、病机，强调辨证，要根据脏腑的阴阳寒热虚实表里加以分析，然后才给予恰当的治疗。内治法是如此，外治法同样如此。并非仅仅是头痛医头，脚痛医脚，将外治法仅仅看作是局部用药，应当将其与内治法同等看待，外治法同样在用药遣方上要有中医理论和药性理论作指导。应当把外治法与内治法仅仅看作是给药方法与途径不同而已。他十分强调经络的作用，认为外治法是通过在人体体表的经络而透达到人体体内的。

吴氏认为，外治之膏药，其运用于临床，完全应当依据内治的理论而应用。膏与药有区别，膏是一种剂型，药则可掺膏内，也可外治配合贴膏之用。膏的应用亦应以内治之理为基础，当分三焦、脏腑与八纲。这样，吴师机将膏药的应用奠立在中医理论基础之上，是对中医学的一个重要贡献。至于外治法的膏方，即配制膏的药方，吴氏亦强调其取法于内治法的汤丸剂型之方，其药物组成亦以君臣佐使等方剂配伍理论为指导，以辨证论治为宗旨。可以说效用是一致的，只不过剂型不同而巳。他提出，凡汤丸之有效者，皆可熬膏。因此，香苏饮、神术散、黄连解毒汤、木香导滞丸、竹沥化痰丸等，以及理中丸、平胃散、六君子汤、六味地黄丸、养心汤、归脾汤、补中益气汤等内服汤丸，均可作为膏方使用。

吴氏认为，病在人体之中，无非在上、在中、在下。而外治法应用于人体，亦不过治上、治中、治下。因此，吴氏依据三焦的三部分，给予不同的外治方法，以治疗各种疾病，形成了三焦分治的用药法则。对于“上焦之病”，“以药研细末，搐鼻取嚏发散为第一捷法”。他认为取嚏之法具有同汗吐一样的功效。除此之外，上焦外治之法还包括涂顶、覆额、涂眉心、点眼药、塞耳法、擦颈项与肩法、扎指法、握掌法、敷手腕、涂臂法等。对于“中焦之病”，“以药切粗末炒香，布包缚脐上为第一捷法”。病在中焦，脾与胃也。用药敷脐上，药物通过脐中作用体内以达到调中的目的。对于“下焦之病”，“以药或研或炒，或随症而制，布包坐于身下为第一捷法。”病在下焦，肝肾之部，包括膀胱、胞宫、大小肠诸脏腑，坐法通过药物的作用，可就近到达下焦诸脏腑，从而达到治疗目的。

吴氏强调膏药的使用，应根据病变的不同，而选用不同的膏药。即一要辨阴阳，二要辨四时五行，三要审求病机，四要度病情，五要辨别病形。吴氏运用膏药，强调此五法，其中心含义为运用外治法时，既要分别阴阳，又要注重病因、病机的分析，审症求因，才能药证合拍，取得疗效。对于膏药的用法，吴氏强调其贴法不专主一穴，应根据病情不同而各异。如治太阳经外感，初起宜贴太阳、风池、风门、膻中穴，更用药敷天庭，熏头面腿弯，擦前胸后背及两手心足心，分杀其势。其他诸经，均可依此原则以推广施用。若病在脏腑，则根据病情之所在，上贴心口，中贴脐眼，下贴丹田，或兼贴心俞与心口对应，命门与脐眼对应，足心与丹田对应。如属重症，酌情掺用药末，以提高疗效。如属外科病，用一膏药贴患处外，还应用一膏药贴心口以护其心，或用开胃膏以进饮食，以助药力。这样可以代替内托之法，不必另外服药。

一般而言，膏药之作用，热者易效，凉者次之，盖热性急而凉性缓的缘故。攻者易效，补者次之，盖攻药之力峻而补药之力缓。但临症凉药与补药并非不用，大热之症，则非凉药无以取胜。极虚之本，非补药则不能使气盛神安。除此之外，临症用膏药也可用从治之法。比如，热症而用热药者，是药力可因热得行的缘故，而热药又可引邪外出，故用之可以取效。虚证而可用攻药者，是有病当先去其病，不可以养痈为患，同时亦俱有同气相感的效用，故虚人之体也能胜任。另有寒热并用、消补兼施诸法，于膏药中亦可以运用。温性膏药可与凉性膏药并用，补性之膏亦可与攻邪之膏同用等。

吴师机认为，“外治之理，即内治之理，外治之药，亦即内治之药，所异者，法耳”。外治法与内治法只是给药的途径和给药的方法不同而已，治病的原理并无二致，内服药经口腔进入体内，通过脏腑经络布于周身，外治法“虽在外，无殊治在内也”。二者治病实有“殊途同归”之妙。外治法必须遵循的原则是，明阴阳，察四时，分五行，求病机，度病情，辨病形。而人体脏腑深藏于内虽不可见，但可通过经络与体表相连，由于脏腑俞穴皆分布与背部，故外治背部俞穴即能达到条理内脏的效果。