著有《 理瀹骈文》(又名《外治医说》)，书以骈文写书，为一册治疗各种疾病的外治法专书，内容丰富。门类排列，包括敷、洗、熨、熏、浸、盦、擦、坐、嗅、嚏、 刮痧、火罐、推拿、按摩等各种治疗方法，总结古代应用的经验和民间流传的秘方，两相结合。书中很重视使用膏，称“膏可以统治百病”，“膏中用药味，必得通经走络，开窍透骨；拔病外出之品为引，如姜、葱、韭、蒜、白芥子、花椒，以及槐、柳、桑、桃、蓖麻子、凤仙草、轻粉、山甲之类，要不可少，不独冰、麝也”。书中许多内容和治疗方法，值得现代医学应用并深入研究。

他认为：“外治之理即内治之理，外治之药即内治之药，所异者法耳。医药药理无二，而法则神奇变幻。外治必如内治者，先求其本，本者何明阴阳识脏腑也……虽治于外，无殊治在内也，”根据这一学说，吴尚先治病的方法，一概是外治法，主要有：

第一种是薄贴方法，是在身上贴膏药。他的膏药有许多种，不论内科外科多种疾病，都可以用不同的膏药来治疗。

第二种是温热疗法。这种疗法包括九种方式：围炉发汗、烧坑发汗、熨斗熨、铁熨、瓦罐熨、热砂熨、瓶熨、热瓶吸、火熏。

第三种是水疗法。分水浴疗、水塌腹疗、热水熏蒸疗、冷水疗四种。

第四种是蜡疗法。用黄蜡加热敷患处。

第五种是泥疗法。用净黄泥调水敷。

第六种是发泡疗法。用捣碎的蒜泥敷贴，使局部发泡。

吴尚先的外治法当然不止这几种。这些方法与现代理学疗法比较并不逊色。同时还有它的独到之处。吴尚先创立的内病外治法无疑是祖国传统医学的继承和创新。他的创新精神在于从理论上和实践上，对古代外治法进行了系统的总结，使这一个简、便、廉、验的治疗方法，得到了广泛的推广和运用。

同治三年(1864年），吴尚先根据长期研究和实践经验写成了《理瀹骈文》（又名《外洽医说》）一书，详细论述了膏药的治病机理，指出膏药的配制方法和应用方法。这是中国医学史上有特色的外治学著作，影响深远。