冯氏7岁时即丧父，家道贫寒，生性好学，加之体弱多病，于是遵循母命，13岁开始学医，从师访道十余年，曾六上京师，研究医学，精于医术，后游医于天下，行医于两浙，尤精儿科。冯氏医术精湛，全活颇多。长又寄燕京二十余年，名声鹊起，誉满燕地，不仅平民百姓，且“名誉极甚公卿间”，可谓“行万里路，读万卷书”。其子干元，继其业。

冯氏经三十余载之探索，于康熙四十一年（公元1702年），著《冯氏锦囊秘录》50卷，充分反映其学术思想和临证经验，书中涉及内、外、妇、儿各科，于脉诊、药性等方面，亦多有论述，实为《内经纂要》《杂证大小合参》《脉证纂要》《女科精要》《外科精要》《治疗方论》《痘疹全集》《杂症痘疹药性主治合参》8种医书之合称。 此书后来曾传入越南，为越南医家所珍视。其中《杂证痘疹药性主治合参 》共收五百五十余种药物 , 从药物学角度分别对其行了详尽的论述 , 尤其对药物在杂证和痘疹中的应用进行了合参。该书为古今所未有，议论颇为独特，除对前人的成就进行总结外，冯氏在按语中 结合临证经验介绍对某些药物的运用体会，这方面尤其值得重视。

冯氏之学，崇尚温补，尤其赞赏赵氏《医贯》的“命门”说，对张景岳的善补阴阳，注重“大宝”等论，亦有同感。他总结治病诊察之要领，归纳为：三法、四因、五治、六淫、八要。并非常强调医德，指出“医家应有济人之心，必需具有救人之术”。

他提出的辨证施治、标本兼顾，论述的诊脉之法、正常脉象、各种病脉的体象及诊断意义，在总结前人之说的同时，亦有自己独到的见解。

《冯氏锦囊秘录》全书内含：《内经纂要》一卷，《杂证大小合参》十四卷，《脉诀纂要》一卷，《女科精要》一卷，《药按》一卷，《痘疹全集》十五卷，《杂症、痘疹药性主治合参》十二卷。