他历任过天津市中国共产主义青年团宣传部长、留日学生革命组织“社会科学研究会”书记、冀西游击队政治部副主任、河北抗战学院民运院教导主任、冀中行署秘书长、行署副主任、党组书记、冀察冀边区政府秘书长、晋察冀日报副社长兼总编辑、天津市工作委员会副书记、中共天津市委书记、天津市政府秘书长、中共天津市委宣传部长、统战部长、市委副书记、书记处书记、河北省委书记处书记、国家经委副主任等职务，

吴砚农同志是中国共产党的优秀党员，自己的毕生精力贡献给了无产阶级革命事业。吴砚农同志在社会主义革命和建设中，努力学习马克思列宁主义、毛泽东思想，坚持实事求是的优良作风，为天津市的城市建设、文教卫生事业、统战工作和河北省的工业建设做了大量工作。十年动乱中，吴砚农同志遭受“四人帮”的诬陷，受尽残酷迫害，致病致残，但他始终坚持原则，坚持斗争，表现了共产党人坚定的革命意志和崇高的气节。党的十一届三中全会后，吴砚农同志虽然重病缠身，但他仍时刻关心党和国家的大事，始终在政治思想上同党中央保持一致。

12月9日因病在北京逝世的，终年76岁。 彭真、聂荣臻、姚依林、李瑞环、薄一波、宋任穷、胡乔木、程子华、谷牧、郑天翔、杨成武、吕正操等以及国务院办公厅等单位送了花圈。宋任穷、郑天翔、黄火青及群众代表近300人参加了遗体告别仪式。 吴砚农同志病重期间，宋任穷、杨成武、吕正操等曾到医院探望。

1948年12月15日，中共中央致电华北局，任命黄克诚、黄敬、黄火青、许建国、张友渔、黄松龄、吴砚农、丘金、杨英等人为天津市委委员，黄克诚为书记，黄敬为第一副书记，黄火青为第二副书记；黄克诚、黄敬为天津市军管会正副主任；黄敬为天津市人民政府市长，张友渔为副市长。

1949年1月16日上午，一位安插在市政府的地下党员向接管人员汇报，他知道伪天津市长杜建时的去向。并通过秘书长吴砚农，报告给了黄敬市长。那位同志叫方纪文，根据他的介绍，杜建时应该藏在今天桂林路与睦南道交口处的一所房子里。

黄敬市长立即做出指示，由方纪文带路，保卫干部们立即从市政府往睦南道方向赶去。到了以后，从楼里走出了一些群众，据他们说，一部分解放军刚刚来过这里，并且俘虏了杜建时。负责俘虏杜建时行动的是当时东北野战军的李中权同志。

元月下旬的一天，杜建时在伪天津市政府秘书长梁子青陪同下来到人民政府，在二楼他自己原来的办公室里，时任人民政府秘书长吴砚农接待了他们。当时杜建时穿着一身灰色西服，外面套着灰色大衣，头上戴着一顶礼帽，吴砚农向杜建时讲明了政策，以及如何对待他的问题。梁子青还特意携带着伪市政府的印。他垂着头，手捧着印向吴砚农同志说：“我一直用心保护着它，现在献给贵政府。”在梁子青眼中，这封大印非常重要，而对于新政府来说，没有任何意义。吴砚农对他说：“这是废物，我们不需要他了。”当新的政权已经掌握在人民手中时，旧政权的官印当然是废物了。