1942年2月，参加革命工作并加入中国共产党。历任山东省肥城县第六区南小区锄奸组长、钱庄党支部书记、钱庄高小教师、六区教育委员会副主任，冀鲁豫一地委土改工作队组长。

1947年冬，参加冀鲁豫区党委整党后，随军南下豫皖苏。历任河南省项城县第七区区委书记，中共项城县委委员、宣传部长，中共淮阳地委政策研究室县级调研员。

1953年3月，调河南省人民政府建筑工程局工作，先后任办公室秘书、副主任。

1958年河南省建筑工程局改为河南省建筑工程厅后，历任河南省建筑工程厅企业管理处处长、施工处处长、施工管理局局长。

1962年河南省建筑工程厅改为河南省建筑工程局后，历任办公室主任、河南省建筑安装总公司经理。

1966年，任河南省予西建设公司经理。

1967年“文化大革命”中，受到错误批斗。

1969年8月被解放后，历任洛阳地区建设公司革命委员会副主任、党的核心小组成员、党委副书记、第一书记。

1973年9月，再次受到批斗。

1975年月恢复工作后，历任冶金部洛阳铝矿党委书记、革委会主任，建材工业部洛阳水泥厂党委书记兼厂长。

1978年4月，调洛阳地委分管工业。

1979年8月至1985年，历任河南省建筑材料工业局第一副局长、党组副书记，河南省建筑工程局局长、党组书记，河南省城乡建设环境保护厅厅长、党组书记。

1984年、1990年，在中共河南省委第四次、第五次党代表大会上，被选为中共河南省顾问委员会委员。

1994年8月，离休。

2009年8月，经中组部批准，享受副省长级医疗待遇。

魏芳亭同志热爱党，热爱社会主义，能认真学习贯彻党的路线、方针、政策，在政治上、思想上、行动上同党中央保持高度一致。魏芳亭同志对党忠诚，具有强烈的事业心和责任感。讲大局，讲团结，襟怀坦白，作风正派，团结同志。在任河南省城乡建设环境保护厅厅长、党组书记期间，魏芳亭同志大胆探索，扎实工作，带领全省建设系统职工，不断破解城市建设发展中的难题，为河南省的建设事业作出了应有的贡献。