正德十二年（1517）进士，改吉士，授广德知州。嘉靖史，历官南京吏部郎中、陕西提学佥事、固原兵备副使、陕西参政。升右佥都御中，巡抚宁夏。召为兵部右侍郎、改吏部左、右侍郎。嘉靖二十九年（1550）八月，俺答犯都城，王邦瑞奉命总督京城九门，代摄兵部尚书，兼督团营。京师取消戒严之后，上疏极言团营之弊，世宗纳其言，遂罢十二团营，恢复三大营建制。并改王邦瑞为兵部左侍郎，专督营务。又疏言宦官典兵为自古以来之大害，尽撤宦官监军。世宗亦从之。进兵部尚书，协理京营戎政。时大将军咸宁候仇鸾跋扈专横，欲节制诸军，王邦瑞坚持洒可。于是为仇鸾所诬陷，落职家居十年。嘉靖三十九年六月初一日，乃起故官。嘉靖四十年十二月十三日卒于官，年七十七，赠太子少保，谥襄毅。

王邦瑞六七岁时，常和小朋友在街上用砖块石砾做修城筑堡游戏。

有一次，他们正玩得起劲，忽见衙皂鸣锣喝道，一乘八抬大桥过来了。这时，其他孩子们和街上百姓都纷纷躲避，王邦瑞却坐在他们玩筑的“城堡”里稳稳不动。一衙皂怒冲冲地喝道：“谁家这无管教的狂生，大老爷到此还不让路。”王邦瑞一听，站起来冲着他说：“世上只有官躲城，哪里会有城躲官。”衙皂只得将此话如实回禀大老爷，大老爷觉得这孩子年纪虽小，倒也颇有胆识，便绕“城堡”而过。

王邦瑞十二三岁时，因家境贫困，一直没有入塾读书。他每天打柴回家，总到私塾门口，静听学生们读书，常常很晚才回家。有一次，王邦瑞正倚在私塾门旁的石狮上，全神贯注地听读，塾师责问道：“哪家的野孩子，在这里干什么？”邦瑞微微一笑道：“听读”。塾师道：“你这野孩子，还能听出点意思吗？”王邦瑞顺口背诵了两段经文给他听。塾师听后，甚觉王邦瑞聪明，就问道：“你这样聪明，为何不上学呢？”邦瑞听了一声不响地低下头去，眼里闪出了晶莹的泪花，塾师怜悯地问：“是家庭不便吗？”邦瑞这才慢吞吞地说：“家里穷，爹不让我来！”塾师见他衣服褴褛，不再问下去了。以后塾师与他父母商量，收他作了校友，边耕边读，深夜不息，日复一日，终于成名。

王邦瑞居官后，嘉靖皇帝对他很器重，即派他作宁夏巡抚之职。他见到宁夏虽处在黄河之滨，但大部分土地却不能浇灌，加之连年旱灾，百姓生活十分艰苦。于是他身先士卒从黄河岸边的山岩上挖掘隧道开渠引水浇田。由于工程大，没经验，见效慢，有人竟说是劳民伤财，他被罢了官。当他离职时，就在宁夏官府门前的大照壁上题了“虎去山还在，山在虎重来”10个大字，表明他治理山河的雄心壮志。后来，他又奏明皇上阐述了他要治理宁夏的决心和理由。皇上闻奏大悦，二次派他出任宁夏。他用了很短的时间，开挖了3条干渠，纵横灌溉800余里，对发展宁夏水利事业起到了很大作用。宁夏人民为纪念他的功绩，便在地头盖起了“尚书庙”，每逢过年过节，都要摆上供品纪念他。