1807年末西班牙爆发内部动乱，西班牙国王遭到人民的唾弃。拿破仑于是乘机入侵了西班牙，并让其长兄约瑟夫·波拿巴(JosephBonaparte)成为西班牙国王。但是这个举动遭到了西班牙人的反对，拿破仑根本无法平息当地的暴动。英国在1808年介入西班牙争端，英军8月8日登陆蒙得戈湾，8月30日占领了整个葡萄牙。之后他们在当地民族主义者的支持下，逐步将法军赶出了伊比利亚半岛。

正当拿破仑陷入西班牙泥潭之际，1809年初第五次反法同盟组成。奥地利在背后偷袭法在德国的领土，拿破仑被迫退出西班牙，率军东征。奥地利军队虽然一开始取得优势，但是拿破仑很快就转败为胜，迫使奥地利签订维也纳和约，再次割让土地。这时拿破仑离弃了妻子约瑟芬，理由是约瑟芬老了，而拿彼仑皇帝后继无人。

当时，拿破仑已经向皇后的后继人奥地利公主玛丽·路易莎张开了双臂。次年，拿破仑娶奥地利公主玛丽·路易莎为妻，法奥结成同盟。

1810年4月1日，拿破仑与奥地利公主玛丽·路易莎成婚。次年3月得子。

约瑟芬与拿破仑结合的最大不幸是没有孩子，拿破仑一心想的是称霸欧洲，并有儿子继承他的基业，1804年他被参议院敕令尊为皇帝后，这一想法更明显化了。1809年11月30日，刚过40岁的拿破仑终于提出了要和约瑟芬离婚。那天当约瑟芬同拿破仑一如往常共进午餐的时候，拿破仑一喝完咖啡就令左右退下。他走近她，拿起她的手按在他心上，凝视了片刻说：“约瑟芬，我亲爱的约瑟芬！你知道我爱过你，我在人世得到的仅有的幸福时刻都是你一人赐给的。但是，约瑟芬，我的命运要高过我的意志；我最珍贵的爱情必须让位给法国的利益。”1809年12月16日，拿破仑与约瑟芬正式离婚

1815年，拿破仑复位再败被流放到圣赫勒拿岛。1821年5月5日，年仅51岁的拿破仑病死在圣赫勒拿岛。拿破仑临终时还在喊着“约瑟芬！”