1845年（弘化2年），笹森生于陆奥国弘前在府町（现青森县弘前市在府町），为弘前藩士笹森重吉之子。于藩校稽古馆（现东奥义塾高等学校）就学后，曾于弘前藩、青森县工作，也曾担任中津轻郡长，但于1878年（明治11年）辞职。由于在当时的青森县，自由民権运动团体“共同会”及笹森等人为首的保守派对立的情形，笹森是因不满当时的青森县令山田秀典企图统一二者而辞职。

    辞职后的笹森，身为保守派的核心人物，他和同时向县政府提出辞呈的的大道寺繁祯（第五十九国立银行的设立者）一起创立了一间经营牧场的公司“农牧社”，担任副社长一职。1886年（明治19年），由于社长大道寺去职前去赴任中津轻郡长，笹森被选为社长。笹森于1892年（明治25年）辞职，退出农牧社。

    笹森的千岛群岛探险行程图离开农牧社后的笹森，在那之后的约十年间对日本各地进行了多次的探险，留下了一些纪录。他首次进行探险活动，是笹森在农牧社社长任内，于1891年（明治24年）4月到6月所进行的一次“贫穷旅行”。该次旅行是为了确认当时的在野党所提出的“地租减轻”及“地价修正”的要求是否正确，而前往各地确认当地的生产能力及生活情况。笹森在该次旅行中，勘查了由近畿到九州的广泛区域，并且留下了关于各地古迹（都农神社、能褒野王冢古坟等）的详细调查纪录，直到现在那些资料也仍被认为是有效而可信的。

    1892年（明治25年），笹森依陆羯南的指示，前往千岛群岛进行勘查。他搭乘前往千岛群岛巡航的军舰磐城号一同前往。他与事先已前往千岛群岛探索的的片冈利和一行人会合后，前往占守岛及幌筵岛进行探险。回到本土后，他将这次探险的体验及由片冈一行人及当地耆老听到的传闻等汇整为《千岛探险》（日文：千島探験）一书。透过井上毅的上奏，天皇也读过了这本书。在这次探险之后，郡司成忠前往千岛群岛拓垦，然而笹森却批评：“千岛的开发，应该由了解寒冷地区的地方人士用自己的资金投资进行。”（千島開発は寒冷地を知る地方人が自ら資金を投じて行なうべき）。 

    翌年的1893年（明治26年）4月，笹森因千岛探险一行与内务大臣井上馨进行面会，井上为了振兴日本国内的制糖业，拜托他探讨扩大南方诸岛糖业规模的可能性。笹森请教了在他之前前往琉球群岛进行探险调查的植物学家田代安定，并进行了种种准备。同年五月，他出发前往琉球群岛进行探险。当时的冲绳县，特别是其中的先岛诸岛，是竹叶青属毒蛇及疟疾猖獗的地区，非常危险。（实际上，当笹森前往拜访田代安定时，田代正因调查时染上的疟疾而卧床），对笹森来说，这是一趟要做好死的觉悟的旅行。

    笹森的宫古岛探险行程图抵达冲绳的笹森，依照冲绳本岛→庆良间群岛→宫古岛→石垣岛→西表岛→与那国岛→石垣岛→宫古岛→冲绳本岛的顺序巡回各个岛，进行制糖情况、农业及水产业的调查，并进行史料的发掘。然而，在笹森一边进行这些工作时，他所看到的是被悲惨生活所困的居民。当时的冲绳，由于对琉球国时代的统治阶级的怀柔政策及尊重旧有习惯政策的实施，税金的额度很高，旧有的社会阶层也大部分留存了下来。其中情况最为悲惨的是仍实施人头税制度的宫古岛及先岛群岛。举例来说，在鸠间岛、新城岛及黑岛等地，即使无法栽培稻米，仍然要以米的形式征收人头税，所以居民不得不成乘坐小船到西表岛耕作。此外，也有在完全没有小学的地区征收学校税的情形。然而，征收税金的旧统治阶层却过著富裕的生活。此外，在八重山群岛，疟疾蔓延的情形相当严重，石垣岛一半以上的村落、西表岛全岛都为疟疾所苦。然而，由于居民害怕付不出医药费而未接受治疗，一个接一个的死去，因此岛上有相当多的房屋已成废墟。

    笹森一个接一个造访像这样的聚落，详细纪录这样的情况。回到东京后，笹森把这次冲绳的体验写成《南岛探险》一书，并在该书中提出，导致这种惨状最大的原因是因为人头税制度的实施，进一步要求废止这种制度。这个举动被认为带给同年在宫古岛发生的人头税废止运动很大的影响。虽然说笹森前往琉球一行是应政府的意向而前去，但他仍在《南岛探险》一书中对政府及冲绳县厅的无能提出严厉的批判，这个举动被评价为：“与其说笹森有保守的倾向，不如说笹森是不会以话语和文章背叛自己所见事物的人。关于这一点，这种精神其实是相当革新的。即使是今日也能将这本书（指南岛探险一书）评价为不朽的事物。”（笹森は保守的な傾向をもっていたとはいえ、自分の見たものを言葉または文章で裏切らないという点で、その精神はまさしく革新的であった。そのことが今日でもこの書を不朽のものとならしめている）。

    笹森在辞去奄美大岛岛司的职务后，经陆羯南的推荐，为了替近卫笃麿所创始的东亚同文会在朝鲜半岛建设日语学校，他在1899年（明治32年）5月前往朝鲜半岛北部的咸镜道。同年年底，他在城津（现金策市）创办了名为“北朝鲜学堂”的学校，担任校长一职。此外，他也从朝鲜半岛前往更北方，到伯力一带进行考察。

    笹森于1901年（明治34年），因为寒冷造成的身体不适而回到日本。

    1902年（明治35年）5月6日，经由第一任青森市市长的推荐，就任第二任青森市长。当时的青森市有严重的税金未纳问题，金额相当庞大。笹森作为市长，认为有必要好好解决这个问题。经过调查，发现了有许多税金被职员盗领。笹森对那些职员做出了严重的处分，企图解决问题，也成功的将他就任前约2万4000日圆的未纳额减少到约500圆左右。此外，他认为在商业都市青森市，有必要设立专门从事商业教育的教育机构，因此创立了“私立青森商业补校”（现青森县立青森商业高等学校），同时担任该校的第一任校长。

    笹森于1903年（明治36年）12月13日辞去青森市市长的职务。之后，他曾担任五十九银行的监查工作等等役，于1915年（大正4年）9月29日死去。享年70岁。葬于弘前市新寺町的西光寺。

    在笹森一生中写过的书籍之中，对后世影响最大的就是《南岛探险》一书了。举例来说，鸟居龙藏（当时他还是东京帝国大学人类学教室的标本整理人员）在这本书发行以后，马上就请求与笹森会面。此外，柳田国男在《笹森仪助翁传》的序中，也写到他是受到《南岛探险》一书的影响，才会发起“南岛谈话会”（一个由柳田国男及折口信夫所发起的南岛研究会）的。

    虽然笹森从未学过民俗学，但他的著作的内容可说是田野调查的先驱，这也是他的著作受到柳田等民俗学者注目的原因。关于这一点，柳田评价笹森为：“那成果在超出他所想的范围外被利用，成为了近代科学的先驱”（その成果が予想外の方面で利用され、近代科学の先駆となった），并将他比喻为炼金术师。