张鹏翼幼年虽处于战乱、饥馑相继，人民颠沛流离，社会十分动乱的情况下，也从不荒废学业，仍积极奋发上进。当清廷统治福建后，统治者为了政治安定，经济发展，必须收买民心，笼络知识分子，便采取了开科取士的措施。知识分子在新王朝的统治下，企图通过金榜挂名，进入仕宦统治阶层。故张鹏翼“亦刻意场屋之学”，希望仕途畅达，科举扬名，而勤奋苦读于囊萤映雪之中。但他的治学目的，曾明确表示要继承朱熹“学以致用”的思想，他说：“读书当思实践，毋徒事文艺”，这样一来，他参加科举考试自然就难得胜而归了。尽管“屡试不第，而好学之心不倦。”

康熙十三年（1674）三藩叛乱，耿精忠给福建人民带来莫大灾难。这时已经四十岁的张鹏翼无意于仕途进取，于是“弃举业，乃返初志”，“终日端坐，跬步不苟”，埋头钻研古籍，“锐志问学，虚心集益”，开始认真研究《近思录》及《朱子全集》。后十年（五十岁）始学习薛文清的《读书录》，但因连城新泉僻处万山丛中，无师友可为共同磋商探讨或请教，只好独坐芸窗，反复琢磨，刻意求工，探求真谛。终于在学术研究上取得了突破，由是声名渐播，而成为一代理学巨子。同代人当湖陆清献与张鹏翼性格相近，皆尊崇程、朱理学为儒学正宗，学术上文字往来，交谊甚密。后来，漳浦蔡文勤闻其名，曾手书“醇学”二字，表彰其乡里家族。

张鹏翼一生著作很多，刊刻行世的有《理学入门》、《将相谏三谱》（又名《立朝三谱》）、《史案》、《中华世统图说》、《芝坛杂说》、《四书五经说略》、《日读小记》、《圣道元亨颂》、《负岁录》、《桑梓录》、《警世格言》、《芝坛文集》等。

康熙五十四年，一生辛勤治学的张鹏翼，在取得丰硕成果后离开了人世，享年八十三岁。