1977年，在著名细胞生物及免疫学家 Zanvil A. Cohn, MD 的指导下，取得美国纽约洛克菲勒大学博士学位，其后他到哈佛大学医学院担任博士后研究员，先后师从儿童医院整形外科部的 Melvin J. Glimcher, MD 及马萨诸塞州总医院发展生物学实验室的 Jerome Gross, MD。

1980 年，加入宾夕法尼亚大学生物系，开始教学及研究工作。

1988 年，转往托马斯杰斐逊大学出任骨科研究主管兼骨科手术系副主任及教授，同时亦为生物化学及分子生物学教授。

1992年至1995年期间，担任该校MD/PhD课程的学术总监。

1997年，成立美国首个细胞及组织工程PhD课程，致力培育再生医学和替代功能组织的“跨文化”生物医学人才。

2001年，受聘于美国国立卫生研究院(NIH)，关节炎和肌肉与骨骼和皮肤病国家学院(NIAMS)院内研究程组，担任软骨生物学及骨科分部首任主管。

2004年，获得骨科研究学会颁发“Marshall Urist Award for Excellence in Regeneration Research”奖项。

2009年，加入匹兹堡大学出任多个职位。发表的研究论文总數超过四百五十篇，并经常担任讲座讲者。同时是医学杂志《BDRC: Embryo Today》的编辑和《Stem Cell Research and Therapy》的首任总编辑。

2010年至2016年间，先后出任香港研究资助局生物及医学学科小组的成员和主席。

2016年起，成为香港中文大学的杰出访问教授并担任组织工程与再生医学研究所所长。

现为美国宾夕凡尼亚州匹兹堡大学骨科手术系杰出教授兼常务副系主任、Arthur J。 Rooney， Sr。 运动医学讲座教授、细胞及分子工程中心总监、军事医学研究中心首任总监、McGowan 再生医学研究院助理总监以及生物工程学系教授。

2018年1月1日，段崇智任香港中文大学第八任校长。

2017年7月25日，香港中文大学校董会宣布任命段崇智出任下一任校长，并将于2018年1月1日正式接替沈祖尧。

段崇智教授不论在学术界担任学者时，还是在美国国立卫生研究院工作期间，都一直专注研究肌肉骨骼生物和组织再生，其研究成果涵盖基本科学和工程学，并探讨临床和转化医学应用。段教授是骨骼组织工程和再生医学方面的顶尖专家，其研究成果对临床应用的理解和潜在解决方案，带来巨大贡献。

段教授现正领导一项大型跨学科研究计划，以整型外科研究为基础，探讨影响肌肉骨骼组织发展、成长和健康的生物活性，利用这些成果，研发可修复受损伤或病患的骨骼组织功能的技术。计划所涉及的项目包括骨骼发育、干细胞、生长因子信号转导、生物材料与骨骼的相互作用、细胞和细胞外基质的相互作用、纳米技术、生物材料、3D打印、机械生物学、再生医学、组织工程与生物组织芯片。研究团队利用了结合当代生物化学科技、细胞和分子生物学、胚胎发育学、细胞成像、生物工程等的综合实验方法来进行。

校董会很高兴能聘任段崇智教授，带领中大再闯高峰。中大是一所研究型综合大学，需要一位具远见、学术成就高、并且对本港及国际教研体系有深入认识的人出任校长一职。段崇智教授完全符合这些条件，我们有信心段教授将会令中大创造更卓越的成绩。（梁乃鹏博士评）

段教授为具高成就的学者，他乐意以其专业及经验，带领中大的未来发展，是一位十分难得的领袖。段教授有亲和力，加上他真诚的态度，定必能获得师生、职员的尊重及信任，带领中大再上一层楼。（沈祖尧教授评）