生于三河国上和田（今爱知县冈崎市）。17岁便为兄长大久保忠世效力参与远江平定战，初阵为犬居城合战。之后在忠世与忠佐的旗下转战各地，并在攻陷高天神城时讨取大将冈部元信。天正13年（1585年）参与信浓国上田城攻防战，却被真田昌幸戏弄。

天正18年（1590年），小田原征伐战过后，德川家康被移封至江户，大久保忠世之子大久保忠邻被封为相模小田原城城主，作为外甥忠邻的属下，忠教被封与小田原城中的三千石。庆长5年（1600年）作为德川家康的枪奉行在关原合战中表现活跃。

1612年大久保忠邻因大久保长安事件受到牵连，被改封至他地，忠教也因此而失势，不过很快便被家康封为额田郡坂崎1000石旗本。庆长19年（1614年），作为枪奉行出阵大阪之阵。家康死后，又作为二代将军德川秀忠的随从上洛。晚年在三代将军德川家光时代又被加增1000石。

宽永12年（1635年）被移封至常陆国300石领地。晚年著有《三河物语》。宽永16年（1639年）去世，享年80岁。死前家光要再加增5000石给他，却被他回绝了。