彭明敏于1923年8月15日生于台中市大甲区，祖籍台湾省高雄市。彭氏家族是五代以前从福建迁到台湾的。从其祖父开始，彭氏家族就是台湾基督教长老教会的成员。彭明敏的父亲最初在台中市大甲区行医达18年，并拥有了大量的田产（以当时计量约合40甲以上），此后才回到高雄。彭明敏排行家中老么，父亲彭清靠在台北医学校毕业后便在大甲行医济世，家中有很深的基督教信仰。与长老教会有长期与良好的关系。

彭明敏自幼就读建成小学，后进入高雄中学就读，但是后来因为与教官的冲突而转入兵库县的关西学院就读，毕业后考取第三高等学校预科。彭明敏就读第三高等学校时沉迷于法国的自由思想之中，并且有意攻读法国文学；但是因为家人的要求之下，于大学时就读东京帝国大学政治科。

1944年，日本政府取消原本文科大学生的缓征令，彭明敏本人也在征召的名单之中；彭明敏由于不愿意为日本人服役，于是前往长崎投靠长兄；而在前往长崎的途中，彭明敏所搭乘的船只由于受到美军轰炸，而失去左臂(后来终生装上义臂)。在彭明敏于长崎长兄家疗伤之时，彭明敏目睹了8月9日美军对长崎投掷原子弹的历史事件。

日本战败后彭明敏回到台湾，并且进入台湾大学政治系就读并于1948年毕业；而在这一段期间，彭明敏经历了“228事件”，但是“228事件”对于彭明敏父亲彭清靠的影响则更为重大；当时彭清靠参加高雄市的“228事件处理委员会”，而这时彭孟缉的军队进入高雄市，对于处理委员会参与者进行残杀，对彭清靠造成以下的影响：

彭明敏毕业于台大后首先于第一银行就职，但因不适应而回到台大担任助教；之后，彭明敏出国深造，首先于加拿大麦吉尔大学（McGill）取得硕士文凭，之后于法国巴黎大学取得博士学位。彭明敏于这段期间的主要研究对象为太空法与国际法等范畴。开始萌生反对意识：“台湾自救运动宣言”的撰写　彭明敏回国后，便于台大政治系担任副教授；三十四岁时升为正教授，三十五岁时出任台大政治系主任，是战后台湾大学历史上最年轻的正教授与系主任。不久又被聘任为“国科会”的讲座教授，以及首届的台湾十大杰出青年。1961年彭明敏甚至于被派任为联合国大会台湾当局代表团的顾问。但是彭明敏也说，“当官方对我愈表示信任时，正是我心里对于整个政局的疑虑愈加深时。在政府里面，想法似乎也分裂着。”彭明敏也阐述了他最原始的观点：

彭明敏便和当时为“国立”政治大学政治学研究所研究生的谢聪敏、“中央研究院”研究助理的魏廷朝三人共同起草一份“台湾自救运动宣言”，并要求制定“新宪法”，建立责任“政府”，保障基本人权，实现真正民主，并以“新国家”身份加入联合国。彭明敏等三人决定以邮寄方式将宣言寄给台湾各界领导者，但是在印刷时事洩，三人于1964年9月20日被捕。1965年2月三人被正式起诉，彭明敏被判八年有期徒刑；由于其辩护人梁肃戎事先与国民政府从中协调，在彭明敏向政府悔过输诚，承诺不再搞台独的情况下，蒋介石特赦彭明敏，（此事实在当时的彭明敏辩护时及政府资料中应有相关证据，见梁肃戎回忆录《大是大非》第168-175页）但是随后彭明敏的生活便受到特务的监控。而这段期间中美国密西根大学也有意聘请彭明敏任教，但是因为国民党当局阻挠而无法成行。

1969年彭明敏开始计划逃离台湾，在友人的协助下 ，于1970年1月逃至瑞典，后于1970年9月转赴美国密西根大学中国研究中心担任研究员。1972年彭明敏出任“台湾独立建国联盟”主席，但是一年后便辞职：1978年，彭明敏成为“台美协会”的董事，并于次年“与台湾关系法”的立法过程中在众议院公听会作证；1981年，彭明敏与其他台美人组成“台湾人公共事务协会”，并且多次要求美国政府向国民党当局施压，要求国民党解除长年的戒严令；而彭明敏之后也长期出任“台湾人公共事务协会”的会长一职，因在海外坚持推行台湾“独立”理念，因而有“台独教父”之称。

彭明敏在1990年李登辉召开的“国是会议”中曾受邀，但是因为通缉令未取销的原因使得彭明敏不愿出席；后在“最高法院”撤销对彭明敏的通缉令后，彭明敏于1992年11月返台，并且在民进党的多次造势场合中都引起全场的轰动。

1995年2月28日彭明敏在辜宽敏等人的推荐下加入民进党，并且于3月20日宣布正式参选台湾地区领导人；在民进党的党内初选中，彭明敏击败长期有意参选的许信良，成为民进党提名的候选人。彭明敏并且与时任“立法委员”的谢长廷共同搭档参选正副领导人，以“和平尊严、台湾总统”作为选举号召，1996年的“总统”直选，民进党提名的彭明敏与谢长廷只得到21.4%的选票，为民进党历次得票最低的一次，党主席施明德也因此辞职。

1996年4月，彭明敏组成“建国会”，继续宣传台湾“独立”理念；并且在1998年三合一选举中，支持“新国家连线”提名之“立法委员”候选人与台北市议员候选人。2000年5月后出任“总统府资政”至今。

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(按照作者姓氏汉语拼音顺序排列)

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