1986年主持国家重点攻关项目“芳论II型纺丝中试”，材料性能达到美国杜邦公司同类产品的水平，1991年通过专家鉴定；“芳纶II型纤维研制及应用”1987年获上海市科学技术进步一等奖；“芳纶1414的研制”1981年获纺织部重大科技成果二等奖；1989年主持上海市科学发展基金项目“高强高模PVA纤维研制”，1992年通过专家鉴定，纤维性能在国内处于领先水平；1990年主持上海市自然科学基金项目“可吸收甲壳质纤维研制”，产品填补国内空白，性能达到日本同类产品水平。“可吸收甲壳质缝合线”1992年国家医药管理局批准试生产；“速愈甲壳质医用敷料”1994年上海市医药管理局批准试生产。1992年7月至8月赴美国杜邦公司进行“改性芳纶纺丝研究”技术交流。

吴清基发表论文41篇，主要有《芳纶1414长丝强度不匀率初探》等；发表译文22篇，主要有《甲壳质纤维的制造方法》等。主要专利成果有“甲壳质纤维及其制造方法和应用”，此项技术获“u2019 97美国爱因斯坦国际新技术、新成果博览会”金奖，其它专利有“羟乙基化甲壳质纤维的制备方法”、“甲壳质保健品及其制备方法”。