万历中期，萧如薰担任宁夏参将，奉命守卫平罗城。万历二十年(公元1592年)二月，原宁夏副总兵啺?鞑靼降将)勾结宁夏卫下级军官刘东旸，利用宁夏巡抚党馨扣发兵卒的冬衣、粮食兵卒不满的机会，发动叛乱。叛军杀死党馨等高级官员，控制宁夏城(今宁夏银川市)。叛军首领刘东旸自封总兵，啺葜訂承恩和许朝也自称左右副总兵，土文秀、喸?啺莸囊遄?为左右参将，共同推举啺菸敝鳎崖胰姹ⅰ承恩进攻玉泉营，俘获了守将游击傅桓。进攻中卫、广武，守军参将熊国臣等弃城逃跑，一时叛军气焰十分嚣张，很快就横扫了河西四十七堡。但是，当土文秀进攻平罗时，萧如薰率军坚守城池。萧如薰的夫人杨氏是尚书杨兆的女儿，贤淑而有智慧，也帮助丈夫死守平罗城。她变卖了自己的首饰，自购食品，每天准备肉和酒，亲自上城犒劳将士。 云是叛军中最为勇猛的干将，他引来河套鞑靼首领著力兔猛攻平罗城。萧如薰在平罗城南关设下伏兵，自己假装兵败，引诱叛军进入南关，又突然率部杀了个回马枪。他一马当先，亲手射死喸疲仁古丫追装芴印Ｏ羧甾钩耸さ坊僦ν么笥翊笈芯蜕蟆Ｖν貌环俅巫橹コ恰４耸保峙浜铣⑴衫吹脑虬苤ν谩Ｏ羧甾辜崾仄铰蕹浅ご锛父鲈拢铰蕹堑靡员Ｈ！疤虻钠铰蕹恰贝哟嗣镂鞅比稀Ｍ蚶实鄣弥羧甾辜崾仄铰蓿鲁强乖簦指咝耍乇鸶璺岷竦慕鄙停⑸嗡恼蚋弊鼙佟Ａ拢俅纹聘裉岚嗡恼蜃鼙伲骋恢富友铀纭⒏仕唷⒐淘盥氛鹘舜缶５蹦昃旁掳巳眨倬阅某桥丫⑵鹱芄セ鳌９倬扇∷惫兀值骷鄯ぷ鞒鼋ケ惫氐淖颂晕丫髁ΑＳ氪送保羧甾褂朐钊缢筛鞑客蝗宦蚀蠖尤寺斫ツ某悄瞎兀痪俟テ颇瞎亍Ｃ骶嘶岳灰眨爰涑悄谂丫欤圃炷谮А４耸保醵珪D杀死土文秀。喅卸鳌⒅芄稚彼佬沓⒘醵珪D，叛军内部群龙无首。官军乘乱攻入宁夏内城。九月十七日晨，喅卸鞯侥厦徘肭笸督当痪醒骸＠钊缢陕时丫芡纺繂拜府第。拜见大势已去，合家自焚而死。其子喅谐琛⒀訂洪大等均被俘虏。到此，长达七个月的啺荨⒘醵珪D叛乱，终于平息。因为萧如薰在平息宁夏叛乱的战斗中立功最多，所以再一次得到升赏。其夫人杨氏也受到皇帝的表彰，特为她建立一座功德牌坊。

万历二十二年(公元1594年)八月，河套外的蒙古部落酋长卜失兔率大军进犯陕西定边，并侵入到宁夏固原腹地。驻军副将姜直没抵挡得住，致使卜失兔部众占领了军事要塞下马关(今宁夏同心下马关镇)，在内地纵横近一个月。万历皇帝立即任命萧如薰为总兵官，镇守固原，指挥明军，击退了卜失兔的入侵。后来，皇帝又任命他为宁夏总兵官，再镇宁夏。他对宁夏的边防建设和生产发展做了很多有益的工作，在宁夏的历史上占有重要的地位。先后任蓟州、延绥两镇总兵官。

天启元年(公元1621年)，朝廷感到京城军队不够用，召边将来分营训练，萧如薰负责神机营。熹宗亲自召见他，赐食物嘉奖慰劳。天启二年(公元1622年)，皇帝派萧如薰为徐州总兵官，出镇徐州。不久又召回京城，再以总兵官镇守保定。

萧如薰先后担任明朝宁夏等七镇总兵官，史书评价他，每守一镇，都表现得特别稳重，都有很大的建树。萧如薰不但是一员著名的武将，还非常善于写诗，痴迷于文学。当时很多文人墨客，纷纷求访他，与他讨论诗文，他的家中常常宾朋满座，甚至就连当时著名的文学家沈德对他都大加推崇。

天启五年(公元1625年)夏，萧如薰受到宦官魏忠贤的诬陷，被夺去官职。这位被时人敬称为“抗逆孤忠”的良将，不得不终日以文抒怀，沉迷于诗书之中。崇祯元年(公元1628年)，萧如薰因郁闷加劳累，吐血而死，以悲剧结束了将军的人生。

萧如薰兄弟四人都是明朝著名将领：兄萧如兰，担任过陕西副总兵；弟萧如蕙，担任过宁夏总兵官；萧如芷，担任过提督南京教场。

萧如薰，字季馨，延安卫人。万历中，由世廕百户历官宁夏参将，守平虏城。二十年春，啺荨⒘醵珪D据宁夏镇城反，谴其党四出略地。拜子承恩徇玉泉营，游击傅桓拒守，为其下所执。贼已徇中卫及广武，参将熊国臣等弃城奔，列城皆风靡。贼党土文秀徇平虏，独如薰坚守不下。如薰妻杨氏，故尚书兆女也，贤而有智，赞夫死守，日具牛酒犒士。拜养子云最骁勇，引河套著力兔急攻。如薰伏兵南关，佯败，诱贼入，射云死，余众败去。又袭著力兔营，获人畜甚多。著力兔愤，复来攻，为麻贵所却，城获全。初，帝闻如薰孤城抗贼，大喜，厚赉银币，擢官副总兵。六月，遂以都督佥事为宁夏总兵官，尽统延绥、甘肃、固原诸援军。其秋，竟与李如松等共平贼，再进署都督同知，廕锦衣世指挥佥事；妻杨氏亦被旌。

二十二年八月，卜失兔西犯定边，阑入固原塞，副将姜直不能御，遂由沙梁聩墙入，直抵下马关，纵横内地几一月。如薰免官，直下吏。寻复以总兵官镇守固原。套寇入犯，击却之。青海寇纠番族犯洮、岷，如薰及临洮总兵孙仁御之，擒斩三百四十有奇，抚叛番五千人，获驼马甲仗无算。再镇宁夏。银定、歹成数入犯，辄挫衄去。徙镇蓟州。久之，罢归。再起故官，镇延绥。

天启初，廷议京军不足用，召边将分营训练。如薰典神机营。陛见，帝赐食加奖劳焉。明年，出镇徐州。俄召还京，复以总兵官镇守保定。五年夏，魏忠贤党劾其与李三才联姻，遂夺职。祟祯初卒，赐恤如制。

如薰为将持重。更历七镇，所在见称。自隆庆后，款市既成，烽燧少警，辇下视镇帅为外府。山人杂流，乞朝士尺牍往者，无不餍所欲。蓟镇戚继光有能诗名，尤好延文士，倾赀结纳，取足军府。如薰亦能诗，士趋之若鹜，宾座常满。妻杨氏、继妻南氏皆贵家女，至脱簪珥供客犹不给。军中患苦之，如薰莫能却也。一时风会所尚，诸边物力为耗，识者叹焉。

如薰祖汉，凉州副总兵、都督佥事。父文奎，京营副将、都督同知。兄如兰，陕西副总兵、都督佥事，前府佥书；如蕙，宁夏总兵官、都督同知；如芷，提督南京教场、都督佥事。