1951年考入中国戏曲学校，工文武小生，先后师承陈盛泰、肖连芳、赵桐珊、武功老师茹富兰、韩盛信、傅德威。1959年毕业后为鞍山市京剧团主要演员。经常上演剧目有：《群英会》、《罗成叫关》、《西厢记》、《辕门射戟》、《白蛇传》等传统戏，深受京剧爱好者欢迎。

1962年正式拜小生泰斗叶盛兰先生为师，是叶先生的入室弟子，学有《辕门射戟》、《罗成叫关》、《佘赛花》、《断桥》等剧目，深得叶先生喜爱。1979年初，到香港定居。1979年至1983年参加历届中国戏曲节（香港）的戏曲表演，演出了一系列叶派名剧。1979年至1984年中多次受聘香港中文大学、香港大学、市政局亚洲艺术节，讲授传统戏曲艺术，有广泛影响。20世纪90年代回北京定居。

马玉琪先生为宏扬中华艺术瑰宝——京剧，在海外和国内做了大量工作。1980年——1984年多次回到安徽、鞍山等地义演。

马玉琪先生曾参加中华艺术国际发展公司主办、与战友歌舞团战友京剧团联合举行的演出，奉献给广大的观众《四郎探母》、《罗成叫关》、《辕门射戟》、《穆柯寨》等剧目。马先生演小生并反串旦角。这些演出体现马先生善于在一场演出中刻画出截然不同的人物性格和自如的运用多种发声方法的艺术才能。

除艺术表演之外，马先生1983年还在深圳投资开设了湖溪大酒楼并在北京筹建玉江饭店，为国内经济建设做了值得称颂的贡献。

马先生自幼受家庭和学长的影响，喜欢书画的收藏。他的姨夫张淑诚是民国时期天津的大收藏家；在戏校读书时，梅兰芳、程砚秋、姜妙香以及其他老师，每到夏天就手不离扇，而且每隔几天就换一把，不但老师们相互交换把玩，评论书法绘画雕工的优劣，而且还拿给学生欣赏，教导学生认识书画。马先生14岁时就以人民币5角钱买了平生第一件收藏品——王雪涛的扇子。到香港后马先生真正开始了书画的收藏生涯。

在浸淫书画艺术品中的同时，也教授学生京剧和武功，如李连杰、郑少秋、马景涛等全是他的学生。