明代的军制，分设都督府、都司、卫、所四级管理。“卫”，全称为“卫指挥使司”，相当于军分区，长官为“指挥使”，正三品武官。明代在京师还设有锦衣卫、金吾卫、羽林卫等“京卫”，旗手卫是其中之一。据《明史·职官志》载，旗手卫建置于洪武十八年（1385年），下辖5个所，执掌大架金鼓、旗纛、率力士随皇帝护架宿卫，初设在南京。

永乐十九年（1421年），明成祖迁都北京。正统七年（1442年），明英宗在北京皇城大明门两侧，为五府、六部、九卿各衙署建造衙址，旗手卫设在西侧衙址中锦衣卫的后身，作用是“佥民间壮丁为力士随皇帝出入并守卫四门”。 明代嘉靖年间，张爵所撰《京师五城坊巷胡同集》记述，旗手卫地处正阳门内以西的“大时雍坊”。

清初顺治二年（1645年），锦衣卫和旗手卫合并，改称“銮仪卫”。光绪年《顺天府志》载：“銮仪卫署在长安右门外，即明锦衣卫旧署，顺治二年改为銮仪卫”。原旗手卫衙址，“今废，其地犹仍旧名”，逐渐变为民居，胡同仍称“旗手卫”。《顺天府志》又载：“旗手卫掌金钲、鼓角、铙歌大乐”。清代，归属銮仪卫内的旗手卫，职能类似军乐队。清末避宣统皇帝名溥仪名讳，“銮仪卫”改称“銮舆卫”。衙址后为洋式司法部大楼占用。

1919年5月22日北洋政府京都市政公所公布的《市内道路等级幅员之标准及已定等级路幅各道路名称》中，将旗手卫胡同列为“二等路，自南口至北口（宽度）十五公尺”。在《1947年北平市地图》上可见在法院北侧，有“銮舆卫夹道”，而旗手卫胡同，就在法院西侧。

旗手卫，无论是作为衙署还是作为与明、清老北京城并存过500余年的古老地名，今天均已成为历史。