不久，蒙古杜格拉特部贵族萨伊德·马黑麻乘乌兹别克人内乱之机，占据了 费尔干纳 地区(今鸟兹别克斯坦境内)。他感到自己势单力薄，不足以统治境内众多的乌兹别克人 ，便向巴布尔求援。巴布尔就让赛依德前往支援。赛依德于1511年来到安集延城(今乌兹 别克斯坦境内)，趁此机会他募集了一支 武装力量，着手发展自己的实力。 赛依德认为 费尔干纳 谷地地域狭小，而乌兹别克人的严重威胁又难以去除，便想到别的地方去另谋 发展。他选中了 喀什地区。当时统治喀什地区的是杜格拉特部首领阿巴伯克尔，他当政 40多年，尽失民心。

1514年，赛依德带领部属和家眷告别了费尔干纳，来到了 阿图什。他亲自率领4700名 士兵直扑喀什噶尔城(今喀什)，久攻未克，转而袭取英吉沙；经过五天五夜的激战，迫 使英吉沙守将 投降。 占领英吉沙后，赛依德正准备回师再取喀什，得到探报：喀什守军 已经弃城而逃了。于是，赛依德便率领军队直接向阿巴伯克尔镇守的叶尔羌(今莎车)城 而去。

阿巴伯克尔招募了一些由 农民、 市民、 工匠组成的军队，有的甚至还不会骑马，这使 他十分沮丧。不久，传来了英吉沙、喀什 失守的消息。阿巴伯克尔留下儿子守卫叶尔羌 ，自己却带着财宝逃往 和田，后来被俘杀于昆仑山区。他的儿子在他走后也逃之夭夭。 赛依德不费一兵一卒，就 轻而易举地占领了喀什和叶尔羌；后来他 又派兵先后攻占了 和田和阿克苏。这样， 塔里木盆地西南部就全部落在赛依德的 掌握之中了。 1514年9月，赛依德登上汗位，以 叶尔羌为 都城，历史上称之为 叶尔羌汗国。

他于1533年在征战 西藏时因患 高山症而死。