1930年后任红十二军第一纵队纵队长、第三十四师师长，红四军第十一师师长、军长，红一军团第十师、第三师师长，闽赣军区第二十一师师长，红军大学代理校长，红八军团军团长兼第二十一师师长，第二十三师师长，红一方面军参谋长。并参加了长征。到达陕北后，任红军学校校长，红军大学校务部部长，中央教导师（庆阳步兵学校）师长，抗大第二分校教育长。1937年参加过秋收起义的部分官员在延安与毛泽东合影，其中有赖传珠、张宗逊、孙开楚、赖毅、谭冠三、杨立三、陈伯钧、龙开富、周昆、谭希林、罗荣桓、谭政、刘型、杨梅生、胡友才等人。照片上毛泽东题字为：“一九二七年秋收暴动成立工农革命军第一军第一师，至今尚存之人约数十人，此为一部分。”红军改编八路军时，他被任命为第115师参谋长。并且是中央军委23个委员之一。

　　在115师初过黄河的几仗中，周昆也是战功卓著。太原沦陷后，115师奉中央的命令开赴吕梁山建立晋西根据地。可就在这时，谁知这位师参谋长周昆竟然会携款而逃！ 当时师司令部工作人员把此消息报告师长林彪，本来就沉默寡言的林师长，更是面无表情，一言不发。他虽未象徐海东听说张绍东出逃而为之吐血，但这件事对他来说毕竟是个很大的打击，他常常一个人独自去散步，思考这个周昆为什么会出逃呢？直到半个月后被阎锡山手下一个名叫王潞生的哨兵，看到身穿日军大衣（平型关战斗缴获的战利品）骑高头大马的将军，以为是日本鬼子，便举枪射击，这家伙的枪法还真准，枪声一响，林师长应声落马，从此，这位著名的战将，只好离开前线去苏联治病。

　　周昆携3万元钱潜逃了，这样高级别的官员离队，在中共和八路军中，尚属首次。

　　那么离开队伍之后，他究竟去了那里？史书已经无有任何记载。分析认为：移民异地，隐姓埋名，忧郁而终。这就是他日后再无任何消息的原因所在。

　　周昆潜逃后，第115师参谋长一职长期空缺。1938年3月8日，八路军总部任命王秉璋为参谋处长，司令部的工作由王秉璋负责，行使参谋长的权责。以周昆的资历和能力，他不当逃兵的话，肯定是开国将帅里的大将。

　　对于周昆出走，目前有三种说法。

　　其一，1938年2月间，115师周昆参谋长到八路军总部去开会，领取了6万元军费，这是国民党政府发给115师的最后（最后二字不妥，国民党政府拨给八路军的军费应该领至1940年底）一笔经费六万元。会后，周昆携3万元钱潜逃回了湖南老家平江，此后再未离开过。建国后，组织上对他做过调查，结果证实他没有参加过任何反革命组织，也没有任何其它反革命行为。从这一点出发判断，他当年潜逃的动机是非政治性的。（王秉璋的回忆录）

　　其二，此说传来比较简单，周昆在参加国民政府在武汉召开的参谋长联席会议时，孔祥熙开给他一张3万元支票，他是带着这3万元支票跑掉的。

　　其三，115师周昆参谋长到八路军总部去开会，领取了10万元军费，周昆自己取了3万元，将剩余的7万元让警卫员带回师部，这一说与上基本相同，只是数字的差异。

　　这3种说法究竟那一种更合理呢？应该是其一。理由是，第一，国民党给八路军的军费是每月50万元，这是周恩来与顾祝同在西安谈判时定的，但由于延安的中央机关与陕甘宁边区政府都不在此列，八路军总部要将这50万元军费，分一部分来供养延安，所以115师不可能分的太多，因为115师出师的人数最多，而且是作战的主力，但此时新设立了晋察冀军区，且344旅此时与129师在一起，由八路军总部直接指挥。一个月给115师6万元的军费应该是合理的。第二，当时师部没有参谋处长，王秉璋任师作战科长，周昆让警卫员将此款转给王也是合理的。第三，为何否定孔祥熙给的支票一说？此前周确定在武汉参加过全国参谋长联席会议，但孔祥熙不可能给他3万元的支票，因为中央即使额外奖赏给115师3万元（假设），也会通过八路军总部转达，而肯定不会直接给了115师的，这是一个制度。

　　那么周昆离开部队到哪里去了？亦有四种说法。

　　其一，周昆携3万元钱潜逃回了湖南老家平江，找了一个村子住下来做买卖，此后再未离开过。建国后组织上对他进行过调查，结果证实他没有参加过任何反革命组织，也没有任何其它反革命行为。

　　其二，传说周昆离开八路军之后去了瑞士，并成为杰出的慈善家。中国改革开放后，大慈善家周昆将军出于对国家的忠诚，曾经化名回到大陆，当时他已经是70多岁的老人。没人认得他，他也不认得别人。周昆又积极的为人民做出了贡献。

　　其三，周和一个资本家小姐携款逃到了境外，结果在花光了公款后，被小姐抛弃，后回国，被人打死。

　　其四，文革中他曾受罪，被红卫兵天天揪斗，死在红卫兵的手里了。

　　其实这四种说法都是没有任何依据的。

　　第一，他如果回到平江老家，象他这样有名望的人，当地不会没有人认识他，那么国民党的中统、军统也会找到他，并利用此大肆宣传，再说他能活到建国后，土改、肃反、三反五反、反右、四清、文革……许多的政治运动，一定会被当地人挖出来批斗的，不会成为一个谜。

　　第二，作为一个军人，拿了军饷去做慈善家，也不很合理，再说如果有人知道他在中国改革开放后，曾经化名回到大陆，积极为人民做贡献，难道件事还能隐瞒了记者吗？

　　第三，说他带资本家小姐携款逃到境外，花光公款后被小姐抛弃，后回国被人打死。这也会被曝光，一定不会没有任何痕迹留给媒体。

　　其四之说就理会荒谬了。

　　那么他究竟去了那里？真的无人知晓了。是什么原因使他选择人生路上这一步错棋呢？第一种是见财起意；这种情况应该是不可能的，如果是见财起意，6万元钱都在他的手上，他完全可以全部带走，没有必要让警卫员送回去一半，自己只拐一半，有人说取3万留3万是保全自己的生命。1个师1个月的军费全部没有了的话，八路军能不四处追杀吗？所以留3万是保全之策，这是周的聪明之处。但凡要携款逃之，定是要冒风险的，他不会确信留下那3万元，八路军就不去查找他的下落。第二种是贪生怕死；周昆在红军时期作战非常勇敢，特别是在强渡湘江中其21师遭受了极大的损失，他都挺过来了。抗日战争时期的条件要比红军时期好的多，何况此时官至八路军的师参谋长，一般情况是不上最前线的，战死的可能已经很小了。他怎么会有贪生怕死的念头？

　　第三种是对革命失去信心；但仔细分析，也有许多疑点，因为他既没有投靠了国民党部队，又没有投靠日本方面。以往一些人多是去别的队伍，是寻找靠山，而他却没有。

　　所以，周昆出走的原因应该是这样的。就在出事前不久，周昆曾到武汉参加全国参谋长联席会议，在会议的间隙，他看到国民党友军的参谋长们饮酒作乐，宿娼，挥金如土，生活极其糜烂。当时，周昆的心里并不是也想去追求那种生活，他曾经为了革命出生入死，一心想为共产主义的思想而奋斗，可在这样明显 的对比下，他感到心理上极不平衡。

　　散会后，他返回山西的抗日根据地，去洪洞县马牧村八路军总部汇报会议情况。在总部他直言不讳地把自己的想法提了出来。当时，朱、彭、左等首长，立即指出他这种想法很危险。可是，周昆认为那些话并不能改变他的观点，他感到前途渺茫了。

　　于是，他便在半路上，将刚刚领到的军费，取出3万元包好并写了几句话，交给警卫员，让他尽快交回师部，而自称自己还有事，等办完就会归队，就这样他带着3万元现钞，永远地离开了八路军。