阿历克塞二世为 拜占廷帝国皇帝 曼努埃尔一世之子。在曼努埃尔一世去世后，年仅12岁的阿历克塞继承了皇位，由母亲安条克的玛丽（安条克亲王 雷蒙的女儿）担任摄政。玛丽由于其 西欧文化背景在 君士坦丁堡非常不受欢迎，为了寻找一个可以倚靠的同盟者，她大肆宠幸曼努埃尔一世的侄子、“上等贵族”阿历克塞·科穆宁（与皇帝同名）。在玛丽的支持下，无才无德的阿历克塞·科穆宁控制了帝国的行政。玛丽明显的亲西方政策和阿历克塞的贪婪无能导致国内局势迅速紧张。在他们的统治下， 意大利商人和出身西欧的雇佣军获得了宫廷的青睐，而这两者又由于自身的劣迹和拜占廷民众的仇外心理变成了可能引发冲突的导火索。帝国还遭到外来侵略： 匈牙利国王贝拉三世侵占了 波斯尼亚和斯雷姆（ 1181年）， 威尼斯占领了 达尔马提亚（1181年）， 塞尔柱帝国 苏丹阿尔斯兰二世占领了科提埃乌姆（今 屈塔希亚）和索佐波利斯（ 1182年）。

科 穆宁家族内部的一些成员乘机试图推翻玛丽和阿历克塞的统治。在多次政变失败后， 本都 军区总督、阿历克塞二世的堂叔安德洛尼卡·科穆宁在 小亚细亚发动武装叛乱，并向君士坦丁堡进军。由于民众对政府的普遍憎恶，安德洛尼卡几乎没有遇到任何抵抗就到达了与 君士坦丁堡隔海相望的加尔西顿，受命封锁 博斯普鲁斯海峡的帝国海军司令随即叛变投靠了他。于是“上等贵族”阿历克塞·科 穆宁的统治彻底崩溃。君士坦丁堡爆发了大规模暴乱，外国人（主要是来自西欧的拉丁人）遭到狂怒的市民的疯狂屠杀。安德洛尼卡·科 穆宁随即掌握了权力，他进入君士坦丁堡，将前政府成员统统处死。阿历克塞二世（当时只有14岁）被迫亲自签发将其母 安条克的玛丽处决的命令。 1183年 9月，安德洛尼卡·科 穆宁被加冕为阿历克塞二世的共治皇帝（即 安德洛尼卡一世）。阿历克塞二世本人在两个月后遭到谋杀，他被安德洛尼卡一世的一名朝臣用弓弦勒死，尸体被抛入大海。

阿历克塞二世曾与 法国国王 路易七世的女儿法兰西的阿格尼斯订婚，但并无确切证据证明两人是否举行过婚姻仪式。在阿历克塞被杀后，阿格尼斯（13岁）嫁给了安德洛尼卡（65岁）。