仁宗闻朝廷有变，将北还，命朵儿只与李孟先之京师，与右丞相哈剌哈孙定议，迎武宗于北藩。仁宗还京师，朵儿只讥察禁卫，密致警备，仁宗嘉赖焉，亲解所服带以赐。既佐定内难，仁宗居东宫，论功以为太中大夫、家令丞，日夕侍侧，虽休沐不至家，众敬惮之。会兄卒，涕泣不胜哀，仁宗怜之，存问优厚。事寡嫂有礼，待兄子不异己子，家人化之。进正奉大夫、延庆使。武宗闻其贤，召见之，仁宗曰：“此人诚可任大事，然刚直寡合。”武宗顾视之，曰：“然。”

仁宗始总大政，执误国者，将尽按诛之，朵儿只曰：“为政而尚杀，非帝王治也。”帝感其言，特诛其尤者，民大悦服。帝他日与中书平章李孟论元从人材，孟以朵儿只为第一，帝然之，拜礼部尚书。初，尚书省改作至大银钞，视中统一当其二十五，又铸铜为至大钱，至是议罢之。朵儿只曰：“法有便否，不当视立法之人为废置。银钞固当废，铜钱与楮币相权而用之，昔之道也。国无弃宝，民无失利，钱未可遽废也。”言虽不尽用，时论是之。迁宣徽副使，御史请迁为台官，帝以宣徽膳用，素不会计，特以委之，未之许也。有言近臣受贿者，帝怒其非所当言，将诛之，时张珪为御史中丞，叩头谏，不听。朵儿只言于帝曰：“诛告者失刑，违谏者失谊。世无诤臣久矣，张珪真中丞也。”帝喜，竟用珪言，拜朵儿只为侍御史。帝宴闲时，群臣侍坐者，或言笑逾度，帝见其正色，为之改容，有犯法者，虽贵幸无所容贷。怨者因共谮之，帝知之深，谮不得行。拜资德大夫、御史中丞。中书平章政事张闾以妻病，谒告归江南，夺民河渡地，朵儿只以失大体，劾罢之。江东、西奉使斡来不称职，权臣匿其奸，冀不问，朵儿只劾而杖之，斡来愧死。御史纳璘言事忤旨，帝怒叵测，朵儿只救之，一日至八九奏，曰：“臣非爱纳璘，诚不愿陛下有杀御史之名。”帝曰：“为卿宥之，可左迁为昌平令。”昌平，畿内剧县，欲以是困纳璘。朵儿只又言曰：“以御史宰京邑，无不可者。但以言事而得左迁，恐后之来者用是为戒，不肯复言矣。”帝不允。后数日，帝读《贞观政要》，朵儿只侍侧，帝顾谓曰：“魏徵古之遗直也，朕安得用之”对曰：“直由太宗，太宗不听，徵虽直，将焉用之”帝笑曰：“卿意在纳璘耶？当赦之，以成尔直名也。”有上书论朝政阙失，面触宰相，宰相怒，将取旨杀之。朵儿只曰：“诏书云：言虽不当，无罪。今若此，何以示信天下！果诛之，臣亦负其职矣。”帝悟，释之。于是特加昭文馆大学士、荣禄大夫，以奖其直言。

时位一品者，多乘间邀王爵、赠先世。或谓朵儿只眷倚方重，苟言之，当可得也，朵儿只曰：“家世寒微，幸际遇至此，已惧弗称，尚敢求多乎！且我为之，何以风厉侥幸者！”迁中政院使。未几，复为中丞，迁集贤大学士，为权臣铁木迭儿所害而死，年四十二。

初，武宗崩，皇太后在兴圣宫，铁木迭儿为丞相，逾月，仁宗即位，因遂相之。居两岁，得罪斥罢，更自结徽政近臣，复再入相，恃势贪虐，凶秽愈甚，中外切齿，群臣不知所为。御史中丞萧拜住拜中书右丞，又拜平章政事，稍牵制之。朵儿只自侍御史拜御史中丞，慨然以纠正其罪为己任。上都富民张弼杀人系狱，铁木迭儿使大奴胁留守贺伯颜出之，及强以他奸利事，不能得。一日，坐都堂，盛怒，以官事召留守，将罪之，留守昌言：“大奴所干非法，不敢从，他实无罪。”铁木迭儿语诎，得解去。朵儿只廉得其所受弼赃巨万万，大奴犹数千，使御史徐元素按得实，入奏。而御史亦辇真又发其私罪二十余事。帝震怒，有诏逮问，铁木迭儿逃匿，帝为不御酒数日，以待决狱，尽诛其大奴同恶数人，铁木迭儿终不能得。朵儿只持之急，徽政近臣以太后旨，召朵儿只至宫门，责以违旨意者。对曰：“待罪御史，奉行祖宗法，必得罪人，非敢违太后旨也。”帝仁孝，恐诚出太后意，不忍重伤咈之，但罢其相位，而迁朵儿只为集贤学士。帝犹数以台事问之，对曰：“非臣职事，臣不敢与闻。所念者，铁木迭儿虽去君侧，反得为东宫师傅，在太子左右，恐售其奸，则祸有不可胜言者。”

仁宗崩，英宗犹在东宫，铁木迭儿复相，乃宣太后旨，召萧拜住、朵儿只至徽政院，与徽政使失里门、御史大夫秃忒哈杂问之，责以前违太后旨之罪。朵儿只曰：“中丞之职，恨不即斩汝，以谢天下。果违太后旨，汝岂有今日耶！”铁木迭儿又引同时为御史者二人，证成其狱。朵儿只顾二人唾之曰：“汝等尝得备风宪，乃为是犬彘事耶！”坐者皆惭俯首，即起入奏。未几，称旨执朵儿只，载诸国门之外，与萧拜住俱见杀。是日，风沙晦冥，都人汹惧，道路相视以目。

英宗即位，诏书遂加以诬罔大臣之罪。铁木迭儿权势既成，毫发之怨，无不报者，太后惊悔，而帝亦觉其所谮毁者皆先帝旧臣。未及论治，而铁木迭儿以病死。会有天灾，求直言，会议廷中，集贤大学士张珪、中书参议回回，皆称萧、杨等死甚冤，是致不雨。闻者失色，言终不得达。及珪拜平章，即告丞相拜住曰：“赏罚不当，枉抑不伸，不可以为治。若萧、杨等冤，何可不亟昭雪也！”丞相善之，遂请于帝，诏昭雪其冤，特赠思顺佐理功臣、金紫光禄大夫、司徒、上柱国、夏国公，谥襄愍。朵儿只死时，权臣欲夺其妻刘氏与人，刘氏剪发毁容以自誓，乃免。子不花。