1629年8月17日生于利沃夫附近的奥莱斯克。他母亲的祖父是波兰王室大指挥官斯坦尼斯瓦夫·若乌凯夫斯基，他父亲雅科夫·索别斯基通过婚姻继承了克拉科夫的若乌凯夫城堡。他从小在克拉科夫受过良好教育。年轻时曾和哥哥马雷克用2年时间周游法国、荷兰和英格兰。曾参加反对赫梅尔尼茨基起义的战争，1655年瑞典人入侵波兰时，他曾追随瑞典人反对国王约翰二世·卡齐米日。翌年改弦易辙，成为驱逐瑞典人的领袖之一。在乌克兰同鞑靼人和哥萨克人进行的一系列战役中，赢得名声。1665年任大元帅，1667年在波德哈伊策附近大胜。1668年凯旋，被任命为波兰军队总司令。

1665年与法国女子玛丽辛卡结婚。1668年约翰·卡齐米日放弃王位到法国修道院后，玛丽辛卡策划使他成为国王，没有成功。他改而收取法国国王路易十四的贿赂，支持一位法国候选人，6月19日米哈乌·克雷布特·维希尼奥维茨基当选后，他即策划反对新国王，1670年阴谋败露，路易十四拒不承认法国卷入了该国阴谋。但1672年他仍在继续活动，企图促成国王退位，他认为米哈乌性格懦弱。由于他经常在前线，玛丽辛卡多次回法国，他曾给玛丽辛卡许多长信，这些信件成为重要的历史资料。

他的扩军计划遭到仍为贵族支持的国王的反对，在他率部于土耳其人作战期间，国王和议会于1672年10月18日签订了不体面的《布恰奇和约》，答应割地赔款。1673年初，他在10天内接连击败土军四次，并于同年11月11日在霍奇姆要塞外围击败了一支规模较大的土耳其部队进攻，恢复了局势。攻陷霍齐姆时听说国王去世的消息，他立即中止作战，匆忙赶回华沙，派6000名士兵包围监督议会，于1674年5月21日，被选为国王。

1675年，奥斯曼土耳其人重新发动进攻，他在利沃夫击败土军。尽管为内部不和所困扰，1676年2月在克拉科夫登基后还是9月～10月顶住了易卜拉欣帕夏指挥的大规模土军的对其设在茹拉夫营地持续两个星期的一再突击，从而促成了《茹拉夫诺和约》，该和约规定除了摩尔多瓦的德涅斯特河外，土耳其撤出乌克兰。

他最初采取亲法政策，1675年与法国缔结贾瓦拉夫密约。他企图利用法国和瑞典的支持夺取普鲁士的领土，但未能如愿以偿。1683年与神圣罗马帝国利奥波德一世缔结反对奥斯曼帝国的条约，其中规定：如果缔约一方的首都被围，另一方必须全力赴援。同年土耳其大军进逼维也纳，他率两万七千军队前往增援，同年9月12日在卡伦贝格一役中率领密集骑兵纵队实施决定性冲击，大胜土耳其人，以伤亡4500人的代价斩奥斯曼四万颗首级。但不幸的是他取得的成就并没有给波兰带来多大的利益。他试图把巴尔干地区的摩尔多瓦和瓦拉几亚从奥斯曼帝国的统治下解救出来，将波兰的领土扩展到黑海沿岸，1684～1691年间，数次进攻摩尔多瓦，没有取得多大的收获。俄罗斯人本是波兰的劲敌，但表示愿意与他结成反土耳其联盟，结果达成1686年永久合约。依约，波兰永久放弃基辅，约翰三世在国内努力提高国王地位，但由于贵族们相互争吵，诸王子犯上作乱，使波兰即将陷入崩溃的状况。德国萨克森选帝侯强者奥古斯特在他死后当选了波兰国王，称号奥古斯特二世。