余扶危1964年7月毕业于四川大学历史系考古专业（同届同学中有湖南省博物馆原馆长熊传薪，四川省博物馆原副馆长王友鹏、辽沈战役纪念馆原副馆长杨美莹等），后分配到河南省洛阳市博物馆工作。历任洛阳市文物工作队队长、洛阳市文物商店经理、洛阳古墓博物馆馆长、洛阳古代艺术博物馆馆长、洛阳市文物局研究员等职，参与了河南和洛阳的许多重要考古工作。

1980年10月，余扶危和同事叶万松投书《光明日报》，反映洛阳文物被毁事件，引起了有关领导的关注。为此，洛阳市发布通告，将考古发掘纳入城市建设的审批程序，即所谓的“先考古后施工”，从而为开展考古工作提供了政策保证。

1981年下半年，余扶危又和叶万松提出考古发掘必须事先经过国家文物局批准，并由此形成了考古发掘报批制度，被国家文物局称为地下文物管理“洛阳方式”，在全国推广。1982年全国人大法制委员会特地来洛阳征求文物保护立法意见。1982年11月公布的《文物保护法》“考古发掘报批”条款，就是汲取了洛阳的经验。

主编或参与编写了《洛阳石刻撷英》、《洛阳出土墓志卒葬地资料汇编》、《隋唐东都含嘉仓》 、《洛阳古墓图说》、《洛阳考古集成补编》、《元代古玩鉴定》等书籍。

2009年6月11日，在建国60周年之际，国家文物局为激励全国文物系统广大干部职工承前启后、开拓进取、建功立业，向余扶危等从事文物、博物馆工作30年以上的同志颁发了《文物、博物馆工作30年荣誉证书》。